1.看菌种颜色：首先看未长满的菌丝的生长边缘颜色均匀一致，没有杂菌侵染现象；再看长满菌丝的袋或瓶的表面颜色均匀一致，没有象云团样的杂菌混合菌团；如果直观看到的菌丝比较细弱，菌丝走过，明显看到培养料未被菌丝包围或覆盖，说明 培养料营养不良，此类菌丝活性较差，接种后容易扩散杂菌或污染杂菌。

接种期间，如果发现白色菌块中有灰色、黄色、绿色等比较明显的异色菌块，说明菌种培养过程中有杂菌感染现象，此类菌种应停止使用，防止含杂菌的菌种扩散。此类菌种大多由小型个体户生产，采用“大室接种”制种、或培养料中掺加杂菌原料而灭菌不彻底、为防止杂菌扩散，而采取偏低温度培养，都极易发生这种现象。

在低温培养条件下，黑曲霉菌丝被香菇菌丝覆盖后变成浅灰色，黄曲霉菌丝被覆盖后变成淡黄色，木霉、青霉菌丝被覆盖后变成淡绿色。瓶装菌种可以看到比较清晰的杂菌被覆盖后的菌团外环轮廓线；用聚乙烯塑料袋生产的菌种，从颜色上不容易分辨出是否包含有杂菌，尤其是长毛菌被香菇菌丝覆盖后的颜色变得格外洁白鲜亮，更不容易被发现。

春栽香菇采用的是中低温品种，菌丝体在5-25℃条件下均可以生长，而接种过程消毒不好、或灭菌不彻底、或“开放式接种”，形成含带大量隐性杂菌的菌种。在低温环境中培养，上述各种杂菌菌丝，就会被香菇菌丝覆盖，而不容易被分辨和挑选。因此，母种和原种全部选用透明度较高的玻璃瓶生产，有利于挑选杂菌，培养纯菌种。

2.看菌丝形态：吃料边缘整齐、菌丝洁白、浓密粗壮、生长旺盛，说明培养基原料营养丰富，菌丝具有较强的生命力。如果菌丝生长稀疏，说明培养料中具有不适宜条件，例如培养料配方不适宜、营养不良、拌料不均匀、杂菌干扰、PH值不适等现象；如果菌丝停止生长，并有明显的边沿线或拮抗线，说明培养原料已被杂菌严重污染。

3.闻菌种气味：瓶式或塑料袋式生产的纯香菇菌种，均可以闻到菌丝体散发出来的一种微甜而清香的菇香味。如果培养环境中含有大量的杂菌，生产的香菇菌种就没有上述气味，反而是各种杂菌所产生的霉变气味；如果是发甜且令人发呕的味道，则说明有链孢霉的发生。这是鉴别菌种培养环境是否达到“无菌化”，无杂菌干扰培养纯菌种，既简单又直接的方法。如果闻到微酸的气味，说明菌种培养基已经酸化，菌种成偏酸性，PH值低于5.5，可能影响菌种萌发效果，甚至不会萌发。