一是培养土不合理。羊肚菌发生地的土壤类型有沙质潮土、壤质潮土、黏质潮土、沙质壤土、褐壤等含腐殖质较多的土壤。种植羊肚菌应该制作添加生石灰的偏碱性的营养土。营养土的制作过程：木屑（腐熟的牛粪或废菌棒料渣发酵）、麸皮、生石灰、石膏、玉米芯等，这些物质与表层土一起配合为疏松的营养土，并在营养土中加入蝇蛆速杀等杀虫药物（防治白蚁、蝼蛄、蛴螬、金针虫、地老虎、蜗牛）；
合格营养土的标准：浇水后，用手轻握呈团状，用手掌轻拍呈颗粒状，把合格营养土堆积呈15厘米高，宽80厘米的畦埂，畦埂与畦埂相隔20厘米，这样有利于浇水和排水，也有利采摘羊肚菌。
二是通风管理不合理。羊肚菌属好氧型真菌，子实体发育阶段需要通气良好。当二氧化碳浓度高时，子实体会出现瘦小、畸形甚至死亡。足够的氧气对羊肚菌的正常生长发育必不可少，因此保持棚内良好的通风条件和土壤通透性至关重要。但要注意通风和温度的协调关系，既要通风，又要保温，菇蕾幼小时，通风量过大会造成顶尖干死。
三是子实体生长期间没有补充合理的营养。在子实体生长时使用含多种微生物活性酶、维生素A、B、D、氨基酸、核酸、活性果糖、葡萄糖等营养物质的营养袋，首先建立有益菌群，促进菌丝健壮，让菌丝体在土壤里面的营养转化能力增强，促进羊肚菌生长速度加快，营养袋里面的营养成分被羊肚菌的子实体全面充分吸收，让羊肚菌的菇蕾更多，大小均匀，干物质含量提高，更有韧性，味道更加鲜美。
四是温度和光线管理要加强。温度方面不太好控制，温室、大棚调节控制温度稍好一些，露天种植羊肚菌对温度调节控制基本为零。光线可以通过遮阴网来调节控制，子实体形成和生长发育需要一定的散射光，七分阴三分阳的光照条件适宜羊肚菌生长。
五是大棚内的空气湿度和土壤湿度不够。这种情况尤其容易出现在露天种植和太阳能大棚羊肚菌种植上，空气湿度一直达不到70--85%的时候，菇蕾特别容易死亡（尤其在温度持续升高的时候），这时候应考虑喷淋设备或者是雾化装置进行增湿。土壤方面要随时注意，一旦湿度降低要随时滴灌或者浇水。
另外，羊肚菌栽培田地不宜连作，如果一块地连续种植，土壤有效成分消耗大，残留物积累多，病虫害会加剧，必将导致羊肚菌出菇较小、较少，甚至不出菇。因此，为避免连作障碍，提倡菌、蔬或菌、粮轮作，可杀死大量有害微生物，同时改变土壤结构和PH值。
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