堆积发酵是好氧发酵，一般堆体建成后几个小时内，堆体内的总氧含量就被微生物呼吸耗尽了，堆里的氧气如何在一定时间内补充，它主要依靠堆体的“烟窗”效应来满足微生物对氧气的需求，即堆体中心的热空气上升，从堆体顶部向外扩散，迫使新鲜空气从堆体外围进入堆体，从而产生气流在堆体内的循环现象，但这种气流的循环速度要合适，循环太快，说明绒头太干太松，容易出现“白花”现象，循环太慢，供氧不足，发生厌氧发酵，而料堆发酵，也就是微生物繁殖到一定程度，仅仅依靠烟窗效应供氧是不够的，这时候就需要翻堆来有效快速的满足这些高温菌群对氧气和营养的需求，也就是说达到均匀发酵的目的。

堆肥发酵和堆肥发酵过程中养分的变化是化学转化和物理变化的复杂过程，其中，微生物活动起着重要的作用，在培养基中，养分分解和养分积累同时进行，有益微生物和有害微生物的代谢活动消耗原料，但更重要的是有益微生物的活动，将复杂的物质分解成易于被食用菌吸收的简单物质，同时细菌合成只有食用菌菌丝体才能轻易分解的多糖和蛋白质，比如双孢蘑菇栽培料的主要成分是粪草和化肥，不能被蘑菇菌丝体直接分解利用，这些以纤维素和木质素为主要成分的有机物，必须经过堆积，在有益微生物如假单胞菌、腐质霉、嗜热链霉菌、高温单孢菌或高温放线菌，特别是嗜热嗜温和嗜热纤维素分解菌的作用下，降解转化为可被蘑菇菌丝体吸收利用的简单可溶性物质。

放线菌等微生物死亡后留下的代谢产物、细菌蛋白、多糖等物质，可以活化和促进蘑菇的生长，发酵后，过量的游离氨、硫化氢等有毒物质被消除，堆肥成为特殊风味，粪肥疏松柔软，透气性、吸水性、保温性等理化性能有所提高，此外，堆肥发酵过程中产生的高温杀死了害虫，减少了病虫害对蘑菇生长的威胁和危害。可见，堆肥发酵是食用菌栽培的重要技术环节，直接关系到蘑菇生产的成败，因此，在分批发酵中，应选择粪草发酵原料，科学协调碳氮源，特别注意碳氮比的平衡，培养料发酵既不能“生”，也不能过熟。