无菌接种。无论制种还是熟料栽培，一定要严格接种，规范操作，不使杂菌有可乘之机。现在一些生产者使用“食用菌接种净化机”进行接种等操作，在机器发出的微风范围内进行开放式接种操作，对人体无害，而且防杂效果好，接种成功率高，接种操作变得轻松自如，接种效果也很稳定。

环境消杀。播种后的菌袋一般在菇棚直接发菌，尤其是老菇棚，棚内棚外就存有或潜伏着大量杂菌、病原菌，很多菇农忙于播种生产，加上防范意识、预防概念的欠缺，往往就忽视了对菇棚的消杀处理，结果就会造成大面积污染，出现难以挽救的损失。处理办法：将菇棚予以修整，揭掉草苫等覆盖物，修补或更换棚膜后，地毯式喷洒300倍液赛百09溶液，并按800倍浓度喷施辛硫磷，然后密闭菇棚，暴晒2～3天，再重复用药一次，密闭2天后打开通风，按每平方米地面0.25公斤用量均匀撒石灰粉，之后即可将播种后的菌袋移入进行发菌。

病菌处理。首先密切观察，坚持剔杂检查；其次，将染杂及疑似杂菌的“问题菌种菌袋”剔出，另行处理，不得马虎；第二，坚持整个发菌期间除药物预防外，密切观察杂菌病害的“动向”，发现初始污染，立即予以彻底杀灭处理，不留后患。过去有的菇农将染病菌袋扔出棚外了事，这是一种害人不利己的作为，既污染了环境、又形成新的污染源，使得以后的生产病原基数更多。正确的做法是：使用赛百09等药物，按照说明对配药液，涂刷病菌污染斑块，或者直接对杂菌病害处撒施药粉，即可将其彻底杀灭。最后，注意出菇管理期间不得对子实体喷洒化学药物或激素等。