汛期易形成洪涝灾害，给食用菌生产造成不良影响和损失，此时期食用菌种植管理要注意以下问题。
一、栽培场地做好预防工作
1.降雨频繁且雨量较大，棚架地基变软下沉，严重可能会导致菇架倒塌，造成不可挽回的损失，因此，要提前做好菇棚架的加固和维修工作。
2.清沟除障，让雨水能够快速排放。预留排水设施要提前疏通。地势低洼的菇场基地，可架起排量合适的水泵，尽量不要让菌棒浸水，否则可能引发缺氧窒息死菌和后期不易出菇的现象。
二、菇棚通风和温湿度管理
加强通风排潮管理。汛期环境闷热潮湿，菌棒水分加大，菌棒容易腐烂，要时刻关注棚内空气状况，降低棚内温湿度。连续阴雨天气，需将菇棚四周打开通风。
三、紧急处理措施
1.整理受灾菇棚架和菌棒。若已被暴雨侵袭，则需要及时处理，损失小的受灾菇棚架及时恢复原状，严重的则需及时清理；菌棒浸水要及时上架，并摆放在通风的地方进行排潮管理，严重时可在阴天时候将菌袋两头割掉扎口排潮降湿。
2.转移菌棒。在易形成山洪地带、河流边和地势较低的菇场，加强防范，最好重新选择通风、利于排水的场地建香菇菌棒越夏出菇场，尽快转移菌棒到安全的新场地。在转移菌棒时，一定要轻拿轻放，不要过度振动菌棒。
3.增加检查菌棒频次，发现有烂棒和死菇现象，及时进行清理，注意不要随意丢弃，避免交叉感染引发病虫害。可远离菇棚集中堆放发酵处理，用作其他食用菌培养料或发酵为肥料。
四、菌种生产管理
菌种的制作应使用经年试验，农艺性状稳定的品种，制作过程严格进行无菌操作。加强菌种的发菌管理，维持培养室25℃左右，空气湿度60%-70%，避光，加强通风换气。定期翻堆检查菌丝生产情况，剔除染杂菌种。
五、病虫害防治
1.夏季高温高湿容易滋生病虫害，应以预防为主，进行综合防治。维持菇棚适宜的温湿度条件、经常通风，避免杂菌侵染，也可在栽培场地四周喷洒石灰，利用黄色粘虫板诱杀害虫。
2.洪涝过后，对于受灾的菇场，要进行全面清理污渍，同时可利用高效低毒的农药，给环境进行一次全面的杀虫消毒处理，避免滋生传播性较大较快的杂菌，影响再生产的环境。
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