是指协调应用生态、生物、物理、化学等多种因素防治病、虫、杂菌。其基本指导思想是预防为主，即在不破坏生态环境的情况下，通过合理安排菇类生产布局，选用优良品种，采取科学栽培管理措施，选择经济有效的防治方法，组成完整的有机防治体系，达到降低危害、提高效益的目的。下面介绍食用菌病、虫、杂菌综合防治的主要措施。
一、合理安排生产布局实行不同菇类的轮作栽培，对减轻部分病害发生有一定效果。在实行粮菇、菜菇轮作的地区，最好做到年年换地，以降低栽培场所病、虫、杂菌的残留量，减轻危害。
二、选用优良菌种应选择适合当地气候条件、抗性强的品种栽培。用种性纯正，菌丝生长健壮，不带菌毒，无杂菌、害虫污染的菌种接种。
三、制备优质培养料种菇(耳)所用原料要新鲜，无腐烂霉变，并充分干燥。段木伐下后可先保留部分枝叶，并尽量保护树皮，断面及其他伤口应涂上石灰水，以减少细菌污染。栽培代料堆制前要曝晒1～3天，杀死料中部分有害微生物和害虫。
四、改善卫生条件堆制、栽培场所应远离发酵场、畜厩等污染源，并定期进行消毒。菇房(棚)门口应备消毒液槽或石灰坑供脚踏消毒。工作人员进入时要穿工作服。工作服及所有工具应定期消毒。进料前要对菇房内墙壁、床架、地面用1∶800倍多菌灵液和0.5%敌敌畏液彻底消毒，杀灭潜伏的病杂菌和害虫。有条件的可在通风口设置过滤装置，减少菇房空气中病杂菌孢子含量。
五、把好培养料及覆土灭菌关生料栽培的培养料最好进行二次发酵：第1次发酵在室外进行，发酵10～20天，其间翻堆3次；第2次在室内床架上进行，要求密闭门窗，用蒸汽或煤炉加温，使室内温度在60～70℃范围内持续30分钟。熟料栽培的培养料务必彻底灭菌，如采用常压灭菌则需8小时以上，高压灭菌需2小时以上，并保证受热均匀。覆土材料用多菌灵、福尔马林等药剂处理；或进料时置于室内，利用二次发酵时的高温进行巴氏灭菌。
六、适时播种和适当加大接种量除草菇外，一般应尽量选择在温度较低时播种，接种可安排在夜间进行。应适当加大接种量，使菌丝尽快布满培养料，以减少竞争性杂菌污染的机会。
七、加强栽培场所的管理改善环境条件，尽可能满足菇类生长的要求，提高其抵抗病菌杂菌的能力。栽培场所应常通风，保持空气清新，并根据不同菇类的要求调节好温湿度。栽培期间，每天用0.2%的肥皂水、3%～4%的石灰水或5%的甲醛溶液喷雾或喷洒；要注意检查栽培床架或段木，发现病菇或杂菌应及时挖除销毁，并用石灰水等消毒挖口。
八、采用物理方法防虫菇房、菇棚、防空洞等栽培设施的门、窗、通风口均应安装防虫网纱防虫；室内可用黑光灯诱虫，但需注意开门时应关灯，以防诱入室外的昆虫。
九、适当使用化学药剂在病虫害严重的栽培场地及老产区，可选用高效低毒并对食用菌生长无不良影响的农药进行防治。常用药剂有：(1)用50%多菌灵1000倍液拌料、拌覆土材料或覆土后喷洒表面，可杀死多种有害真菌；(2)用65%代森锌1000倍液喷洒菇床(可接触菇体)，可杀死多种病菌、杂菌；(3)用鱼藤精1000倍液进行室内喷雾，可防治壳子虫、菇蝇、跳虫等；(4)用三氯杀螨砜1000倍液在菇房喷雾或浸段木，可有效防治螨类；(5)每吨培养料用10%的克线灵颗粒剂30克拌料，可杀灭线虫；(6)每50公斤豆饼饵料加1.5～3公斤蜗牛敌制成毒饵置于室内，可诱杀蜗牛、蛞蝓；(7)用5%～20%的食盐水于傍晚时喷洒栽培场地面亦可杀灭蜗牛、蛞蝓。
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