薄皮菇的形成主要是因温度偏高，子实体生长速度快，再加上蘑菇密度大，营养供应不上所致。产生薄皮菇还与品种的特性有关：贴生型品种，大多数出菇密，容易产生薄皮菇，产量低，质量差。气生型品种，培养料和覆土层过薄，又加上喷水少而轻，造成营养和水分供应不足，也会产生薄皮菇。覆土后调水期间由于喷水轻，喷水次数多，调水快，细上调水后菇房通风少，菇房内空气湿度大，菌生长的部位过高，子实体结在细土表层，根基浅，也易产生薄皮菇。如对土层调水期间适当通风，使出菇部位在粗土与细土层之间，就可减少薄皮菇。适当增加培养料和土层的厚度，加强出菇期间水分管理，也可防止薄皮菇产生。

空心菇主要是由于出菇期间水分管理不当造成的。在出菇期间，菇房空气湿度过低，菇体水分蒸发快，再加上土面喷水少，土层过干，尤其是粗土层过于，迅速生长的子实体得不到水分的补充，就会在菇柄产生白色疏松的髓部，甚至在菌柄中产生空心菇。如在蘑菇盛产期，加强水分管理，及时喷水，并适当进行间歇喷重水，不使土层过干，同时使粗土粒也能得到水分，保持一定的湿度，就能使快速生长的子实体得到充足水分，预防空心菇的产生。