配料:培养料是食用菌生长的营养物质基础，培养料配方直接影响食用菌产量、质量，影响栽培效益，甚至栽培成败。培养料配制的基本原则是：首先根据所栽培菇种的生物学特性选择栽培原料、配制C/N适宜的配方，其次根据栽培学和经济利用率确定适宜用量。
拌料:拌料的目的是使配方各组份混合均匀一致，并调节合适的含水量。拌料的关键点主要有两个：一是搅拌促使原材料混合物和湿度的均一性，无死角，无干料块；二是确保在搅拌的过程中不致使原料酸败。因此，拌料时应注意做好以下几方面：
1. 针对不同原材料采取不同的调湿方法，木屑可以通过室外日晒雨淋，以促使其提高自身含水量；棉籽壳可在搅拌前浸入水池中，使其充分吸水，从而减少搅拌的时间；
2.由于玉米芯含有丰富的糖质，搅拌时间长、不马上装料灭菌，容易引起酸败。应采用浸水短期预湿的方法使其增加含水量，减少搅拌时间；
3.营养辅料如麸皮、米糠、玉米粉等极易酸败的物质，应先倒入主料搅拌调湿，在装料前半小时将营养辅料倒入搅拌，1.5小时内完成装瓶（袋），立即灭菌。
4.高温季节，在搅拌机上方安装风扇，及时排除搅拌过程中产生的热量，以避免和减轻发热、酸败。
装瓶（袋）:装瓶（袋）是指将培养料均匀地装入栽培用的容器－瓶或袋中，然后在中央打直径1.5～2.0cm的通气、接种孔。
装料要求：
1.每锅料在装瓶（袋）时，培养料的含水量必须均匀一致，准确撑握根据不同菇种和栽培原料确定含水量值，一般63~65％；
2.上紧下松，使培养料通气良好，发菌速度快；
3.瓶与瓶之间，或袋与袋之间装料松紧一致，使每瓶（袋）的装料量一致，每瓶重量误差在±20g之内；瓶肩、袋壁无空隙，培养基质之间的空隙度一致，确保菌丝发菌的均一性，从而保证出菇的均一性。
消毒灭菌:消毒灭菌是木腐菌工厂化生产中的重要环节，消毒的目的是利用高温、高压将培养料中的微生物（含孢子）全部杀死，达到无菌状态。工厂化生产中消毒灭菌不彻底，是成品率低、甚至失败的主要原因之一。
消毒灭菌应注意以下几点：
1.灭菌锅内的数量和密度按规定放置，如果放置数量过大、密度过高，蒸汽穿透力受到影响，灭菌时间要相对延长。
2.在消毒灭菌前期，尤其是高温季节，应用大蒸汽或猛火升温，尽快使料温达到100℃，如果长时间消毒锅内温度达不到100℃，培养料仍然在酸败，消毒后培养料会变黑，pH下降，影响发菌和出菇。
3.高压灭菌在保温灭菌前必须放尽冷气，使消毒锅内温度均匀一致，不留死角，培养料在121℃保温1.5～2小时。
4.如果培养料的配方变化，基质之间的空隙可能会变小或变大，消毒程序也要作相应的修改，否则可能会导致污染或能源的浪费；
5.采用全自动灭菌锅在灭菌结束后都有脱气过程，使锅内外压力平衡，便于锅门打开。应安装空气过滤装置使外界空气通过过滤装置回流到灭菌锅内，以免影响灭菌的效果。
冷却:由于在冷却的过程中存在冷热空气的交换，这样栽培瓶（袋）就可能在冷却室中造成冷空气回流带来的污染。因此冷却室要求严格：
1.冷却室必须进行清洁消毒，最好安装空气净化机，至少保持10000级的净化度；
2.冷却室中的制冷机应设置为内循环，要求功率大，降温快，在最短的时间内将栽培瓶降至合适的温度（金针菇16-18℃），可减少空气的交换率，降低污染的风险。
接种:接种是最容易引起污染的环节，因此是食用菌工厂化生产中控制污染，确保成品率的环节。接种要求包括硬件与软件，应注意以下几方面：
1.接种室必须有空调设备，使室内温度保持18~20℃；
2.接种室的地面必须易于清理，最好用环氧树脂材料等无尘材料；
3.接种时由于有栽培种传输至外操作区域，所以室内必须保持一定的正压状态，且新风的引入必须经过高效过滤，室内保持10000级，接种机区域保持100级；
4.接种室必须安装紫外灯或臭氧发生器，对室内定期进行消毒、杀菌，紫外灯安装时注意角度和安装位置，使接种室消毒均匀周到；
5.接种操作前后相关器皿、工具必须用75％的酒精擦洗、浸泡或火焰灼烧；
6.接种操作的过程中人员必须按无菌操作要求进行。
发菌培养:培养必须置于清洁干净、黑暗、恒温、恒湿，并且能定时通风的环境中。大多数木腐菌培养阶段污染的主要杂菌有青霉、木霉、根霉、链孢霉等，危害很大。杂菌污染症状与原因∶
1.同一灭菌批次的栽培瓶（袋）全部污染杂菌。原因是灭菌不彻底，或高温烧菌。
2.同一灭菌批次的栽培瓶（袋）部分集中发生杂菌污染。原因是灭菌锅内有死角，温度分布不均匀，部分灭菌不彻底。
3.以每瓶原种为单位，所接瓶子发生连续污染。原因是原种带杂菌。
4.随机零星污染杂菌。原因是栽培瓶在冷却过程中吸入了冷空气，或接种、培养时感染杂菌。正常情况下（室温18～20℃，料温23-25℃），接种后发菌时间：金针菇20-23天；杏鲍菇35天左右；真姬菇30~35天（配方不同天数有所改变），然后再经过30~60天的后熟培养，即可搔菌或催蕾出菇。
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