黑木耳菌袋产生憋芽的后果非常严重，袋内耳基越长越大，导致袋料严重分离，而后袋内形成更大的空间，氧气更加充足，如此恶性循环，袋内耳基越长越大。只要外界温度稍高，袋内的温度就升高、湿度也增大，袋内耳基开始腐烂，细菌滋生。浇水时，菌袋内容易进水，青苔、绿藻、绿霉、西阳病也随之而来。出现憋芽现象如处理不当，轻则减产，重则绝收。

产生憋芽的原因：

一是菌种选择不当。菌种选择主要注重2点：1、品种、小孔栽培中选择的品种一定要选择耳基单生的品种。2、菌种质量，一定要严把菌种质量关，不要采用携带杂菌、螨虫、病毒的菌种。

二是菌袋过松，袋料严重分离。出现袋料分离原因：1、在制菌时装料不紧；2、装袋、运输、装卸中导致的袋料分离，尤其是在开孔以后的袋料分离而产生憋芽现象更为严重。所以无论是在装车、卸车、装袋、倒袋、运输的各环节都要做到轻拿轻放。

三是菌龄过短、开口过早。有些冬季生产的菌包长满菌丝以后就放到室内直接冻藏，甚至直接开孔，养伤以后再放到室外冷冻储藏。这种情况下是导致菌袋憋芽的重要原因。因此掌握好合适的开口时间，安排好出耳催芽的栽培季节也是重要环节。在时间安排上要根据当地气候条件合理安排，开口时间只要掌握在当地最低气温必须稳定高于10度以上时开口和进行催芽管理，低温也能造成袋内憋芽现象。

四是开口形状不适宜，开口过小。开口形状以“1”字口出芽效果最好，“*”字口次之，“O”型口最差。对于经验不足或催芽技术水平不高的人根据实际情况来决定黑木耳菌袋开孔的形状和大小。开口时注意根据菌袋及时调整开口机械的刀具达到合理的孔深和孔径大小，以“1”字口为例：孔深0.5-0.6厘米，长0.3厘米为宜。这样利于木耳原基分化和子实体形成。

五是催芽期间温度过低，湿度过小。根据黑木耳生物学特性：木耳原基形成需要四个基础条件：温度、湿度、光照、氧气，只要满足这四个条件，黑木耳出芽就很容易。如要催好芽，不形成袋内憋芽，就需要充分满足温、湿、光、氧。大棚挂袋栽培可采取夜间浇水改白天九、十点钟浇水以提高棚温，严重憋芽的要用壁纸刀片划开，如袋内有水将里面水放出来，如有绿霉产生则下架地摆减少传染。