食用菌菌渣含水量为30% ~55%，粗蛋白含量5.80% ~ 15.44%，粗纤维含量2.00% ~37.11%，粗脂肪含量0.12% ~4.53%，粗灰分含量 1.56%~35.87%，无氮浸出物33.00%~63.50%，钙0.21% ~4.59%，全N、全P、全K总养分含量2.72% ~ 5.39%，C∶N一般在30∶1以下，p H值在6.0 ~8.0，大多数菌渣的有机质含量达到了45%以上。由于菌渣中蛋白质含量较食用菌栽培原料提高，糖类、有机酸类、酶类和生物活性物质含量丰富，是综合利用的优良基质。

    目前菌渣肥料化发展迅速，将废弃菌渣用作有机肥料，菌丝在生产过程中分泌的一些生物活性物质，能够分解复杂的有机物，抑制部分土传性病害，对有害菌繁殖有较好的抑制作用，能够有效地控制和减轻地上病害和土传病害的发生，减轻危害程度，促进植物生长。但是食用菌菌渣不能直接施入田中，这是因为菌渣腐解不完全，直接施入农田肥效作用小，腐解速度慢，会影响到植物的生根和成活，所以不能直接使用菌渣做肥料。可以在菌渣中加入适量鸡粪和水进行发酵，然后把发酵好的菌渣施入土壤中种植其他农作物，另外可以在菌渣中接种高温纤维菌，缩短发酵时间，这样不仅可以提高菌渣的综合利用价值，还能提高作物品质及产量。菌渣肥料已经过实践证明会使作物品质更好、效益更高。菌渣肥料既可以应用到蔬菜、果树中，也可以施用到小麦、玉米、棉花等经济作物，每亩用量约为0.5-1吨，大棚蔬菜中可增加至每亩1-2吨。这种方法简单、实用，不仅解决了菇农处理菌渣的难题，还带来了经济效益，有利于实现生态农业循环经济，增加产业效益，值得大力推广。

    此外还有一些处理菌渣的方法：用作二次种菇的培养料、生态修复材料、养殖场的发酵床垫料、燃料、获取生物活性物质、畜禽饲料。不过菌渣发酵用作肥料更加方便、环保，经济价值更高，不仅可以保护环境，还能大大节约成本，带来一定的经济效益，实现了农业资源的再利用。