2.做育苗基质；把出菇后的废弃物与土壤混合后堆积发酵处理后，用来作为蔬菜、花卉育苗基质，基质的土壤理化性质得到改善，且生产成本低，幼苗生长健壮。菌渣用作蔬菜栽培基质，可使蔬菜幼苗在短期内灌溉清水的情况下正常生长，但采用新鲜的食用菌废弃物直接进行蔬菜育苗，存在发芽率低、生长势弱、苗发黄严重等问题。利用菇渣发酵产物与其它基质混合栽培蔬菜，降低了生产成本，提高了产量和品质。

3.做饲料添加剂；在食用菌菌丝体的生长过程中，随着酶解反应的完成，副产品中含有多种禽畜体内不能合成的，一般饲料中又缺乏的必需氨基酸和菌类多糖。因此，栽培食用菌的下脚料又是一种很好的菌糠饲料。

4.用作食用菌栽培原料；选择培养料未被杂菌污染的木耳、金针菇、杏鲍菇、白灵菇等栽培后的菌渣，进行剥袋、打碎、建堆发酵及灭菌等处理，用于平菇、草菇、鸡腿菇、双孢蘑菇等草腐菌栽培。

5.用作燃料；将出菇后的食用菌废弃物晒干保藏，用于菌种培养基和培养料的灭菌燃料，这已在生产中广泛应用。 近年开发的菌渣木炭机，将菌渣粉碎、烘干、制棒、炭化处理等工艺，在隔绝空气条件下，经高温高压成型、炭化处理后制成的一种废物再生能源。另外，近年开发的“生物质气化炉”，可直接利用菌渣做燃料，提高了热值和气化效率。

6.利用菌渣发展沼气；目前一些食用菌产区利用菌渣发展沼气。如河南西峡县是食用菌生产大县，也是沼气试点县，目前已发展沼气5000户，每年有5000吨菌渣投入沼料使用。也可以作为禽畜养殖垫料，禽畜粪污被菌渣垫料中微生物分解，禽畜舍无臭味，垫料发酵后投入沼气池。

7.作为生态环境修复材料；菇渣中含有大量的漆酶、多酚氧化酶以及过氧化物酶等多种降解酶类，这类酶不仅可以降解木质素，还能有效地降解萘、菲、吡等多环芳烃类的化合物。将菇渣作为接种剂用于环境污染修复领域的研究报道越来越多。