要保持优良菌种遗传足够的稳定性，应加强品种隔离，在菌种转管工作中尽量防止和减少品种间的混杂，保证菌种的纯培养；不用被杂菌污染的菌种，不要近距离相连接培养菌种，不要用同一食用菌种类的不同菌株混合。

2.控制菌种传代次数，保证菌种活力

微生物都存在自发突变，而这种突变是在繁殖过程中发生或表现出来的，应尽量减少菌种传代次数，避免不必要的移种和传代，一方面可以减少机械损伤，保证菌种活力，另一方面可以减少菌种自发突变的概率，降低菌种发生衰退的机会。菌种传代次数越多，繁殖越频繁，产生突变的概率就越高，生产中菌种的移接代数不能超过5代，应严格控制，避免病毒杂菌或杂菌污染。及时淘汰病毒粒子含量大、受到严重影响的菌丝体及子实体。

3.做好菌种保藏，延缓菌种退化速度

有效的菌种保藏方法能确保菌种长期保持原有优良性状，延缓、遏制菌种老化和变异的速度。适当低温保存菌种有利于保存菌丝体的活力，高温型菌种在16℃下保存，低温型菌种在4℃保存。应采取短期、中期和长期三者相结合的方式保存菌种。根据不同的要求，低温保藏期间菌种应每隔2到3个月移接一次。

4.创造合适的生活环境，促进菌种健壮生长

菌种的生长繁殖是否良好受外界条件（物理、化学和生物变化）等影响较大。条件适宜，菌种生长良好，条件不适宜，则会引起菌种的退化。要给菌种创造生长的良好生活环境和营养条件，适宜的菌种培养基能使菌种生长健壮，营养过于丰富和不足对菌种生长均不利；适当调整、更换培养基，对因营养基质不适而衰退的菌种，有一定的复壮作用；在高温夏季，给培养基加入适量的维生素E有延缓细胞衰老作用。

5.定期分离菌种，保持菌种优良性状

生产上无性繁殖可保持菌种的优良性状，而反复进行无性繁殖会使菌种的优良性状不断衰退；有性繁殖所产生的孢子具有丰富的遗传特性，以组织分离（无性繁殖）来巩固优良菌株的遗传特性，以孢子分离（有性繁殖）来发现优良菌株，将有性繁殖和无性繁殖有计划的交替使用，定期进行菌种分离，可使衰退品种得到恢复，是防止菌种衰退的有效方法。孢子分离3年进行一次，组织分离最好每年进行一次。新分离的菌种必须符合要求才能用于生产。