目前袋料香菇菌棒生产成本随着人工费用和栽培设施化成本的增加，香菇菌棒的生产成本与出菇效益的利润空间越来越小，尤其是木屑原料过大引起的微孔率超过10%以上，加上开放式接种的可见性污染率超过20%左右的习惯性污染率模糊控制，到了不可忽视的程度。特别是菌棒携带了不可见杂菌之后，不仅容易出现烧菌、腐软坏棒或出菇稀少、菇小、容易开伞等异常现象，而且会大幅度减产，所以20%的污染率不仅是增加20%左右的生产成本，甚至因为污染菌棒对出菇产量产生大于30%以上的减产幅度，直接影响到工厂化生产的出菇产量和效益。此类现象是导致行业默认的工厂化生产（配方质量、品种选配、污染率控制、出菇潮次和规范化管理等）赚钱难的几个重要因素之一。

规模化生产的春栽香菇菌棒转色过程，是在越夏菇棚中静止摆放，利用遮阴棚里20℃左右自然气温完成自由转色，并且利用刺孔机刺孔的60个左右孔眼，自由排放转色期间分泌的液体。然而，因为规模化生产的菌棒数量过多，不仅减少了5～6次的频繁刺孔发菌管理程序为2～3次，而且省去了转色过程的手工翻垛和转袋排出转色积水的发菌管理程序。但因为栽培规模的成本扩展，箱式接种普遍转向塑料大棚开放式接种，增加了开放式接种的污染系数和人为造成的不可见杂菌的污染机率，让菌棒出现烧堆或腐软现象成为常见问题。

防治措施：

1.减少刺孔翻堆次数的同时也减少了感染机率。因为频繁的翻堆刺孔，无疑增加了感染机率，也增加了劳动强度和管理成本。因此，翻堆刺孔的次数只有两次翻堆刺孔和第三次刺孔转色并直接上架越夏的工序。

2.增加越夏菇棚的遮光降温通风效果。一是提高越夏菇棚的高度，二是增加双层黑网的遮阳密度，三是提高越夏菇棚的井水降温管理条件，四是严格越夏菇棚的通风和温度管控。

3.对选出的染杂菌棒和带病菌棒采取下架管理。因为木屑木片超大，微孔率增加和开放式接种的污染率增加等原因，菌棒污染率和带病菌棒的比例普遍大于10%甚至超过30%，此类菌棒需要保持在低温环境安全越夏，所以对此类菌棒全部采取下架管理，摆放到越夏菇棚的地面上，轻度病棒直立到地面、重度病棒平放地面度过夏季。并对6层架以上不放菌棒，下架到5层以下，防止持续高温对越夏菇棚顶部积温，引发高温烧菌危险。

4.对越夏菇棚采取自动化感观降温管理。一是采取放大气的菌棒进入越夏菇棚一部定位，不允许越夏过程翻动菌棒，减少摩擦碰撞或移动引起的损伤性坏棒或腐软现象。二是在菇棚安装超温警示和自动喷淋降温装置，增加检测越夏菇棚温控管理的灵敏度。三是参考天气形势预报，采取“保持手感菌棒凉爽”管理，出现手感菌棒温热感或自然气温超过35℃必须喷淋降温，对越夏菇棚加强温度调控和通风管理。