羊肚菌菌种一播下，菌丝就着床，开始快速生长，在土壤里沿着四面八方发展。随着各个播种点萌发的菌丝生长，渐渐地连成一整片的菌丝网络，直至铺满厢面。羊肚菌的菌丝形状为圆筒状或管状，被隔膜分割成竹节状，每一节为一个菌丝细胞，然后细胞与细胞之间的隔膜有一个可以实现营养物质或细胞质流通的小孔，这样大量的菌丝互相接触、纠缠，就形成了菌丝网络。需注意的是，刚长成的菌丝网络并没有多少营养物质，需要后期摆放营养袋给菌丝网络补充营养。而营养袋中的营养物质通过管状菌丝流通到菌核储存起来，提供给菇朵长出来。发育比较好的菌丝网络是后期出菇的营养基础，是形成产量的根本。有经验的菇农，根据播种后半个月菌丝发育的状态，就可以判断种植效果。
要想菌丝长得好，就要注意播种的环境温度不超过20℃，地温以10~16℃为佳。一般情况下，播种一天后，就能看到菌丝有生长迹象，长5毫米左右。不过此时菌种刚复苏，菌丝还比较纤细和柔弱。播种后两三天，菌丝强壮了一点，可以看到地表稀疏地附着一层菌丝，细看有点像蜘蛛丝。若是2~3天菌种还不萌发，菌丝还没有蔓延迹象，就要尽快查找原因，立即做出改进。
播种后5~7天，菌丝网络形成，土层上覆盖的菌丝更多。需要根据播种方式的不同，观察菌丝成长状态。若是撒播，则整个厢面菌丝会比较均匀，若是条播，则播种条位置菌丝会比较明显，其他地方少一些。
播种后7~10天，地表的菌丝网络慢慢转变成菌霜。菌霜多少，受通风、光线、温度等影响，有些地方会多一些。
如果一直没有观察到有以上状态出现，则证明菌种没萌发或萌发不良。菌种不萌发可能是以下几个原因造成的：
一、菌种有问题
菌种质量不合格，或菌种老化会出现萌发状态不好的现象，这种情况可通过横向对比同批次菌种不同基地的种植情况来判断。
二、土壤湿度不适宜
土壤湿度过大或过小，都会影响菌种发育。湿度太大，影响土壤透气性，会造成菌种供氧不足；湿度过小，菌丝缺水，生长力度小。
三、低温影响
在温度低的环境中，菌丝生长相对缓慢。
四、菌种受污染
菌种被杂菌污染后，受杂菌抑制会生长不良。
生产中要随时观察，遇到前面三种状况，应及时补播菌种，调节土壤的湿度和棚内温度。
菌种受污染一般是菌种产生菌霉，这是比较常见的问题，造成污染可能是两种原因。
1. 播种时温度偏高，覆土不当，导致喜好高温的杂菌快速生长，侵袭羊肚菌菌种，抑制了羊肚菌菌种的萌发。
2. 菌种带杂菌，这种情况播种之前一般要通过观察菌种提前排查。
羊肚菌菌种制作注意事项及选择菌种的方法
1. 羊肚菌菌种制作注意事项
羊肚菌菌种容易老化变异，因此应避免母种肆意扩繁，不能随意选择可栽培的子囊果自行分离用作栽培生产中的母种。人工分离的菌种必须经过栽培试验，检验其性状，经过系统筛选，才能应用于规模化栽培。应尽量选择当前已实现人工栽培的菌株，进行菌种生产。
2. 选择菌种的方法
菌种的选择应与种植环境高度匹配，当种植户没有自行制种的条件时，应到专业生产菌种的地方购买以确保菌种的质量。
选择来源清晰、色泽正常、没有发黄及吐黄水现象、菌落边缘正常、未出现扇形或缺刻现象的菌种。最好通过多种途径购买菌种，进行比较筛选。
在购买时，也要以菌丝粗壮浓密为选择标准，避免其它杂菌污染的菌种混入其中，且尽可能选择红褐色的菌种。
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