1.料表面接种法

这是目前采用较普遍的方法，接种时多为瓶装或袋装培养料，上端有一定空间，如生产金针菇、茶树菇、黑木耳、杏鲍菇菌包，以及生产香菇、鸡腿菇、平菇等菌种，接种时尽量将料表面喷淋上菌种，液种萌发生长快，封面早杂菌污染的机会很小，除破袋外菌袋污染的机会极低，甚至以万袋计算可达到零污染。这种方法的菌球处于氧气充足的条件下生长很好。

2.表面加枪头插入式接种法 

因表面接种法接种时，菌球易被培养料的过滤作用阻滞在料的上半部分，菌丝生长需要从上往下生长，不能在料内上下同时生长。如果将接种枪枪头做成管状插入料内接种，菌球在料内同时生长，可缩短发菌时间一半以上。这种方法一要注意料内氧气的供应（不适应扎口袋），二要注意接种环境的无菌要求，避免菌种不萌发或枪头带入杂菌造成污染。如生产中香菇菌棒从两端中心插入接种时即使不封口，菌棒中段的菌种也不易萌发。这种方法在低温季节大量接种香菇、鸡腿菇、金针菇、平菇等菌种，成品率在98%-100%，缩短时间一半以上。

3.袋表面扎孔接种法

长菌棒从两端接种不能缩短养菌时间，从袋的表面一面或两面用枪头扎入3-5cm深并同时接种，扎孔间隔根据需要确定，如香菇每棒扎3-5个孔，这种方法调节接种量和孔间距离可达到缩短养菌时间和减少杂菌污染的目的，缺点是用种量大，每个孔的接种量不少于10mL，接种后不封口的应达到每孔20mL以上。

4.袋壁内喷射接种法 

长菌棒还可采取从两端一侧用枪头分别扎入到袋薄膜内，从料与塑料薄膜之间喷射菌种（要求液体压力达到9.8×100KPa以上），喷射后用手按压分散菌种，使菌棒一侧布满菌种，待菌丝生长1-3cm后可以扎孔增氧。此法可覆盖较大的料表面，发菌快袋面微孔污染小，缺点是用种量大，每喷射一次用种都在100mL左右。而且在配料时要注意减少培养料的含水量。实践证明，此法在香菇生产上应用较成功。

5.接种后摇动接种法 

颗粒菌种培养基接液体菌种最能发挥快速发菌的优势，液体菌种接入玻璃瓶后旋转或摇动使液流动粘到每粒颗粒上，在适合温度下3天即可长满菌丝，继续培养几天让菌丝深入颗粒内部后即可用于生产。此法可在急需用种时使用。

液体菌种对不良环境的抵抗力不如固体菌种（如耐缺氧能力不强），采用发酵料、生料栽培或塑料袋熟料开放式拌料栽培往往不易成功。液体菌种生产技术与食用菌栽培技术的很好结合才能发挥液体菌种的优势。

以上方法可灵活运用，如生产蛹虫草时由于培养液中含有大量由菌丝产生的孢子，接种时只要液体流到的地方都会有菌丝生长，无论是薄料生产子实体还是厚料生产菌丝体粉都可以朝料表喷一下液体菌种。