羊肚菌属于子囊菌，它与担子菌不同，担子菌如黑木耳可以利用子实体分离菌种，而且分离的菌种都是双核菌丝，无论黑木耳菌种转管多少次都可以出耳；而子囊菌如羊肚菌也可利用子实体分离菌种，但分离到的菌种有单核菌丝、双核菌丝和子囊孢子，也就是说羊肚菌菌种是单核菌丝、双核菌丝和子囊孢子的混合体，这类菌种转管扩繁次数过多（超过3次），羊肚菌菌种中的单核菌丝、双核菌丝和子囊孢子比例严重失调，这样的菌种再进行栽培，出菇少或不出菇。所以，羊肚菌菌种不能进行多次转管扩繁，必须大量进行子实体分离菌种。羊肚菌栽培户必须到正规的菌种选育单位购买菌种，因为这些菌种生产单位每年都进行羊肚菌子实体分离菌种，母种转管次数不超过3次，这样的羊肚菌菌种才能正常出菇，高产、抗病。

羊肚菌栽培场地不能重茬，重茬发病重，产量低，效益差。这是因为在出菇场播种发菌和出菇过程中，伴随着羊肚菌菌种的生长发育，羊肚菌菌种、营养袋等提供了大量的营养物质，空气中的竞争性杂菌——绿色木霉等落入土壤表面，并且在适宜的温度、湿度、光照和通风条件下生长发育。第二年，相同地块土壤中的杂菌成几何梯度增加，这些杂菌在第二年发生严重，影响羊肚菌菌种生长，从而影响羊肚菌产量。同时，土壤中的害虫会蛀食羊肚菌菌丝，羊肚菌产量低。栽培羊肚菌最好不选择重茬地块，如果非要选择重茬地块，可以利用羊肚菌间歇期栽培蔬菜，与蔬菜轮作2-3茬，土壤中的杂菌和害虫减少到栽培羊肚菌之前的状态，再栽培羊肚菌时，病害和虫害发生轻或不发生，才能确保羊肚菌产量。

羊肚菌栽培必须在播种后的栽培场地摆放营养袋，为羊肚菌生长发育提供外部养分。羊肚菌生长发育过程中，在出菇前，羊肚菌子囊孢子生长发育需要大量的氮源，羊肚菌子囊孢子就是我们常说的“白霜”，这是羊肚菌出菇前必须经过的一个有性繁殖阶段。大量的“白霜”产生后，羊肚菌才能大量出菇。羊肚菌出菇除了需要营养袋的养分外，还需要土壤提供大量的营养物质，比如钾、铁、钙、镁、磷等矿物质，这些养分是羊肚菌生长发育必不可少的。所以，羊肚菌产量受土壤中的养分影响较大，羊肚菌产量不稳定与栽培场地有关，栽培户一定要考虑这一因素，选择适宜的栽培场地。

野生羊肚菌是在春季和秋季出菇，羊肚菌人工栽培主要根据野生羊肚菌生长发育情况进行栽培。所以，羊肚菌人工栽培要选择适宜栽培和出菇季节，一般秋季或冬季栽培、春季出菇；反季节栽培可在冬季播种、40-60天出菇，但要保证出菇场所播种后温度在7℃-22℃之间，羊肚菌菌种能正常生长发育。其他时间播种羊肚菌，发菌期温度适宜，而出菇期温度变化大，出菇期短，羊肚菌产量低。所以，羊肚菌栽培一定要根据当地气候状况确定适宜的栽培期，才能保证羊肚菌出菇期长，产量高。

羊肚菌栽培受冬季和春季气候影响较大，不同年份羊肚菌产量不同，而且产量不稳定。羊肚菌播种后，需要一定的温度条件，而我国大部分地区冬季温度都在0℃以下，尤其我国北方地区，冬季最低温度零下20℃以上，如果入冬后温度直线下降，播种的羊肚菌菌种直接休眠，对羊肚菌产量影响不大；如果入冬后温度忽高忽低，生长的羊肚菌会受冻害，羊肚菌菌种活性差，对羊肚菌产量影响大，羊肚菌产量低。所以，羊肚菌栽培户秋冬季节播种后要控制好出菇场所温度，促进羊肚菌菌种发育良好，产量高。