1.料袋制作不当 如原材料受潮发霉；培养料含水过大，装袋过紧；料袋扎口不紧等。防止杂菌污染，要选择新鲜、干燥、无霉变的培养料，用前暴晒2-3天；含水量要适宜，培养料要拌匀；当天配料后要尽快上锅灭菌，没有灭菌的料袋千万不要等过夜后再灭菌，这样容易造成培养料发生酸败。生料栽培时，可加入1%-2%的石灰提高培养料PH值。为了降低杂菌基数，培养料要充分发酵，加入适量的“克霉灵”或“菇博士急救120”等杀菌剂。

2.培养料基质灭菌不彻底 由于灭菌时间过短或压力不够；灭菌时菌袋装料过多或在灭菌锅内摆放不合理；或高压灭菌时冷空气没有排净等。因此，要保证灭菌的压力和时间；装料不能太满，菌袋在灭菌锅内灭菌时摆放不能太紧，要留有空隙以便蒸汽流通。

3.菌种带有杂菌 此类污染往往规模较小，污染的杂菌种类比较一致，且感染的部位基本是在接种口。防治方法是，菌种在使用前要严格检查，选用无病虫害、生活能力强、抗逆性强的优良菌种。

4.接种操作中污染 主要是由于接种场所消毒不彻底；或接种时无菌操作不严格。因此，制种或熟料栽培时要严格无菌操作，接种动作要迅速准确，防止杂菌侵入。

5.培养过程中污染 培养室环境不卫生、高温、高湿、通风不良、棉塞受潮等，均可引起培养料感染。因此，要选择地势干燥、水源清洁、远离畜禽舍等污染源的场所作菌种厂和栽培场地；培养室和出菇室在使用前要严格消毒，培养过程中要加强通风换气，严防高温高湿；定期检查，发现污染及时处理。

6.破口污染 灭菌操作或运输过程中不小心，使菌袋破裂或出现微孔；或由于鼠害等使菌袋破损而造成污染。防治方法是，装袋绑口时冷空气要排净，防止胀袋；菌袋灭菌过程中运输时要严格小心，并在菌筐内垫上报纸或布，避免毛刺扎破菌袋。

综上所述，食用菌的杂菌感染重在预防。培养料必须新鲜、干燥、无霉变。菇房环境必须进行严格的消杀处理，很多菇农多年来使用消毒粉熏蒸，其主要成分是二氯异氰尿酸钠，长期使用容易产生抗性，二氯异氰尿酸钠也是一种强氧化剂，在进行消毒的同时也对菇房内钢构等金属器材有严重的腐蚀性。为避免上述弊端，可先用“索霉特”每组兑水60公斤对菇房进行全方位喷洒，然后关闭菇房，用“20%百菌清”烟弹熏蒸6-10小时后，即可进行下一步操作。

菇房消毒完毕后，接种前，要对人体和接种工具进行严格的消毒处理，接种过程中，要一鼓作气接种完毕。接种过程中，没有消毒的无关人员不能随便进出，以防造成再次感染。

养菌期，间隔一周，用“20%百菌清烟弹”熏蒸消杀一次，如发现袋口出现绿霉等杂菌感染，及时用“绿霉净”喷洒处理，可有效控制霉菌蔓延，感染严重的菌包喷洒药水处理后，及时拿出菇房另行处理。