软体动物危害是指蛞蝓和蜗牛。蛞蝓和蜗牛经常嚼食羊肚菌幼嫩的子囊果，特别是温暖湿润的季节，发生较为严重。可采用多聚乙醛300g，加白糖50g、5%砷酸钙300g，混合后拌豆饼4000g，加水适量拌成团饼状，进行诱杀；或用有效成分为四聚乙醛的商用颗粒药剂“蜗壳”等进行撒施灭杀。

白蚁通常发生于播种环节，它会吃菌种，可以在播种前翻土暴晒，或把适量石灰、草木灰洒到土壤中或火烧泥土。如果发现有白蚁，使用48%乐斯本乳油1000-1500倍液喷雾防治。

给菇农带来问题相对较多的子实体真菌性或细菌性病害，尤其在温度高湿度高的环境更易出现。羊肚菌感染真菌病害后，子实体表面会长出白色霉状菌丝，致使羊肚菌腐烂和变形，导致产量品质下降。羊肚菌被细菌感染后，常导致菌柄腐烂发臭。病害防治关键是尽可能让菇床不要处于温度高湿度高的环境中，可以采取通风降湿的方法预防或减轻病害产生，如果病害发生可以在菇床上洒施生石灰。

长孢菌（Diploospora longispora）引起的菌盖真菌腐病

山西食用菌科技小院在对长孢菌（Diploospora longispora）引起的羊肚菌真菌病害的石蜡组织切片研究中发现正常的羊肚菌菌盖表面子囊完整，子囊和子囊孢子排列整齐、形状规则；被真菌侵染后子囊破裂，细胞壁被破坏，子囊和子囊孢子混乱、形状不规则。

提醒正在出菇的菇农，在给羊肚菌做好保温工作的同时，一定多注意病害，适当降低湿度，适时通风。