一、缺乏知识产权保护意识
    尽管我国是世界上最早认识、食用、驯化栽培食用菌的国家之一，近20年来食用菌栽培规模又迅速扩大，良种选育也取得了显著成绩，但是由于长期以来缺乏知识产权的保护意识，在菌种业出现了两个值得我们重视的问题，一个是种质资源流失，一个是育种者的知识产权得不到保护。在种质资源流失方面，我国食用菌的一些品种资源不断以民间方式流传到国外，反被其他国家研究并注册，使我们面临珍贵的资源流失，又受他国频频指责“侵权”的窘境，声称收“保护费”等等，如香菇就是如此。白灵菇在我国商业性栽培仅六年历史，但已流传到日本，日本已进行工厂化栽培，且已研究选育出3个类型的菌株，而且作了基因图谱，列为日本食用菌保护物种名单。品种资源流失给我们带来的损失不言而喻，值得我们引以为戒。另一个问题，我国育成的一些食用菌新品种新菌株，也得不到应有的保护。有些是没有通过品种审定，有些是缺乏基因图谱的研究，有些是没有详细完整的三性（特异性、一致性、稳定性）特征描述。还有些是菌种销售繁育者不尊重育种者的劳动，引进后自己编号起名出售。这种状况的蔓延，不仅使育种者繁育、转让等权利受到侵犯，而且使良种在生产中也发挥不了最佳的栽培效果，给我们食用菌产业带来不可估计的损失。
    重视知识产权保护，要首先树立知识产权保护意识，重视知识产权保护法律法规的学习和落实，建立种质资源保护制度。防止从各种渠道造成的种质资源流失。新育成的品种要依法进行审定，扩繁和经销者要遵循《全国食用菌菌种暂行管理办法》、《植物新品种保护条例》和《种子法》的规定，使用审定后的品种名称，不要随意更改编号。国家有关部门应加大对食用菌育种研究的投入，稳定研究队伍；对新育成的品种，要用先进的分子生物学技术作基因图谱，列入新品种保护名录。有条件的食用菌企业，除重视栽培技术改进外，也要重视食用菌菌种的选育工作，引进新品种繁育推广时，要尊重育种者的权利，不起新名不另编号。通过我们全行业的努力，通过一定时间，选育出我国具有自主知识产权的食用菌新品种，并防止流失，使菌种业在我国食用菌栽培中，发挥最佳的作用。
    二、食用菌名称及菌种编号混乱
    我国目前进行商业性栽培的食用菌种类大约有四、五十种。在产品名称上，商业名称、学名和俗名上的混淆和张冠李戴现象时有发生，甚至同物异名、同名异物。如竹荪有人做广告称仙人伞、白灵菇有人做广告称白羊肚菌等。以新奇吸引顾客，招揽生意，造成交流的困难。在菌种上，随意起名编号更为普遍，如从别处引进的香菇菌种，随意编上×××号，以掩盖真实来源和编号。这不仅不尊重他人知识产权，也给良种推广造成干扰。这种菌种编号混乱和名称多样的状况，给食用菌行业的交流和发展带来十分不利的影响。
    面对食用菌名称及菌种编号混乱的局面，我们要宣传落实执行菌种管理的法律与法规。我国虽然不像日本那样有菌种注册登记制度，但《全国食用菌菌种暂行管理》中明确规定：“新育成或引进的品种（包括菌株），须经省级农业行政主管部门主持的区域试验，并经同级农作物品种审定专业组织审定后，方能用于生产，经品种审定专业组织审定后的品种名称及编号，各地应统一使用，不得任意更改。”另一方面菌种和食用菌产品生产者和经营者，要自觉遵守国家的法律法规，树立良好的职业道德，不乱起名，不随意编号，以利于交流和交易。最后还建议编写“食用菌名称标准”，以规范名称，便于查阅对照。
    我们过去对有关菌种法律法规宣传不够，以后有关部门特别是食用菌协会，应加强这一方面的宣传。

    三、菌种生产设备简陋、分散、规模小，从业人员技术水平参差不齐，菌种质量得不到保证。
    在发达国家，菌种生产多由专业公司承担，规模大，设备先进，技术精良，一个公司培育的菌种供应全国或其它国家。根据我国的国情，我们的菌种厂遍地开花，这在一定历史时期，对经济不发达的农村，确也起到了降低生产成本、促进食用菌生产发展的作用。但是由于菌种质量低劣造成的减产损失也是无法估量的。另外，还经常出现许多菌种纠纷，劣质菌种坑农的现象不断发生，严重的，甚至造成全县栽培失败，给菇农带来极大的经济损失。
    为了改变目前我国菌种生产设备简陋、分散、规模小，从业人员技术水平参差不齐，菌种质量得不到保证的状况，应从两方面人手解决：一方面要落实《全国食用菌菌种暂行管理办法》中的规定，严格按照“菌种生产必须具备一定条件”的要求审批菌种厂，执行“菌种生产许可证”、“菌种经销许可证”制度，杜绝无证生产和销售。另一方面菌种生产者树立良好的职业道德，对菇农负责，对自己的信誉负责，做到无把握的菌种不出厂，质量不合格的菌种不出售给菇农。一些信誉好的菌种生产企业，要树立自己的品牌，用名牌信誉和市场竞争去淘汰一些质量差的菌种生产者。
    四、食用菌菌种标准体系不健全，急需完善
    我国从1999年开始，农业部和原国家质量技术监督局将食用菌菌种制定标准的工作纳入计划，几年来虽然制定发布了一些菌种标准和技术规程，但是远远满足不了我国食用菌多品种生产现实的需要，很多品种尚无菌种标准可循，即使已经制定发布的标准，执行实施的力度也不够。
    由国家标准化管理委员会、农业部、中华全国供销合作总社等10部委制定的《全国农业标准2003—2005年发展计划》中，计划制定食用菌标准99个，其中包括食用菌菌种方面的16个，这些标准的制定和实施，能使我国食用菌菌种标准更加完善，食用菌菌种标准体系更加完整。建议国家行业主管部门，加速制定食用菌菌种标准的步伐，将大规模生产的食用菌品种菌种质量标准和技术规程尽快制定发布，落实实施。另一方面，生产菌种的企业要按国家标准、行业标准生产、检验出厂的菌种；在没有国家标准或行业标准时，只要当地或自己生产该品种，应制订出该品种的地方标准或企业标准，做到生产菌种有标准可循，检测菌种有标准可依，杜绝无标准生产的局面。另外，也要加强标准的宣传，不要使制定发布的标准停留在文字上。
    五、菌种研究经费投入不足，滞后于生产需要
    由于我国食用菌产业化发展的时间较短，食用菌菌种需要研究的问题很多，如资源的采集收集、种质分析、种质保藏和利用、退化机理、育种技术、DUS标志、检测技术和方法以及菌种生产工艺、工业化生产技术等。由于食用菌产业兴起后对菌种的研究经费投入不足，出现了滞后于生产的局面，使菌种领域的许多环节未能进行深入的探索，有些甚至是空白。形成我国具有自主知识产权的品种少、栽培种质量检测手段落后等突出的问题。在一定程度上制约了我国食用菌行业的健康发展。要改变这一状况，一方面需要政府加大菌种研究的投入，稳定和壮大菌种研究队伍；另一方面，有基础的食用菌企业，也要投入一定的资金、一定的技术人员，结合本企业生产的需要，进行菌种领域一些问题的研究。通过国家、企业和全行业的努力，相信在生物技术特别是分子生物技术发达的今天，经过一定时间的辛勤奋斗，一定会在食用菌菌种领域有所发现、有所发明、有所前进、有所建树，到那时我们的食用菌生产将减少盲目性，少点偶然性，多点预见性，使菌种在保证食用菌产业产量和质量方面，为我国从食用菌大国向食用菌强国迈进做出贡献。