（一） 食用菌培养室，接菌室，操作室，工作室，催芽棚，木耳，蘑菇、香菇、平菇载培大棚，黑木耳，蘑菇深加工车间包装车间。利用臭氧消毒杀菌效果极佳。同时可去除各类杂菌和异味污染，保证商检出口质量。按照卫生部消毒技术规范要求，对空间消毒的臭氧浓度是10ppm,即20mg/m3浓度的臭氧，作用40min,对自然菌杀灭率达到98%以上。一般（0.5—1.0×10-6臭氧即可达到90%以上的空气杀菌率。在150m3的培养室内，臭氧消毒2h（臭氧浓度4×10-6=左右=0.000004）前后对照数据；

车间灭菌,臭氧消毒机厂家根据空间大小，摆放菌代多少设定消毒时间，消毒结束便自动关机，使用方便。按房间空间体积的大小选型使用。只要满足臭氧浓度的要求，必需是食用菌专用的高纯臭氧发生器。就可以达到消毒杀菌目的，其它类型无效。
（2）物体的表面消毒灭菌在食用菌生产过程中，常常要对原材料，工具器材，包装物，生产场所等进行体表面消毒。特别是要对调好的培养基在臭氧消毒下进行多次翻动摊开消毒。在高压灭菌时效果更好，高压灭菌后的菌代口极易感染杂菌这时做表面杀菌非常重要。传统的方法是用紫外线消毒，但消毒不彻底，存在消毒死角，衰减快，对于特定环境中的某些细菌无法杀死等种种弊端。按照卫生部消毒技术规范要求，用臭氧气体对物体表面上污染的微生物的杀灭，一般要求30ppm,即60mg/m3，相对湿度≥70%，作用60min-120min可达到消毒效果。
 接菌消毒在准备接菌前开启臭氧机50min，回复30min接菌人员进入接菌室把臭氧机调至低浓度0.1-0.2PPm可进行在无菌下接菌。但事实上，洁净区消毒不仅是对空气的消毒，实际上还包括了对物体表面的消毒所以，高纯度臭氧发生器食用菌专用,设计时的浓度一般大于10PPm。菌代刚上架消毒在2h，以后每天40min,就可以保证一天内洁净区内的浮游菌和沉降菌达到SSOP的要求。