（1）将臭氧发生器直接放在食用菌培养室，接菌室入门口上方或放在离地面2m-2.5m的地方加以固定，对洁净区进行消毒灭菌；
（2）大的食用菌厂可以将臭氧发生器放在食用菌培养室，接菌室的外面，通过管道将臭氧打入各输入口中，然后被送入各洁净区，或采用台式自带风机臭氧发生器，多点设计将臭氧散布在洁净区内，统称为外置式臭氧发生器，外置式臭氧发生器安装检修方便；
（3）采用臭氧发生器连接导气管和曝气系统，在食用菌培养室，接菌室，黑木耳深加工厂顶部布设曝气管网，将臭氧送入洁净区，特别是在食用菌生产前把各菌房用臭氧提前杀菌消毒。
几种方法消毒效果都是一样的。从使用臭氧进行灭菌的食用菌厂的检测报告可看到，菌检全部合格，完全替代了令人头痛的甲醛，硫磺熏蒸大消毒同时，能耗减少，人身健康，取得了满意效果。
现在市场上臭氧产品五花八门，质量不一，主要是有家用小型，食品厂型，没有专用于食用菌木耳和蘑菇的专用臭氧设备。公司专门为此设计的FC系列产品，能迅速将臭氧传送到空间的各个地方，电脑定时控制，无死角，可达到标准洁净度。