省农科院历史沿革可以追溯到1912年。1912年，民国政府在昆明创办了省农事试验场，在蒙自草坝成立现代农业试验所，并建设了我国第一口农村沼气池。1938年云南成立稻麦改进所和茶叶改进所。1940年省农事试验场并入稻麦改进所。1950年新中国成立后省政府组建了云南省农业试验站。1958年西南农业科学研究所与云南省农业试验站合并，成立云南省农业科学研究所。1976年，撤销云南省农业科学研究所，成立云南省农业科学院。目前省农科院是省政府直属的多学科、综合性、公益性的农业科研机构，承担着云南省全局性、关键性、战略性重大农业科技问题的研究和创新任务，以及紧紧围绕服务“三农”这一根本任务，全力抓好科技创新与成果转化工作，为云南粮食安全、特色农业产业发展、农业生物资源开发、科技扶贫及生态安全作出了重要贡献。
全院下设粮食作物、经济作物、园艺、花卉、生物技术与种质资源、农业质量标准与检测、农业资源环境、农业经济与信息、药用植物、农产品加工、国际农业、高山经济植物、热带亚热带经济作物、甘蔗、茶叶、蚕桑蜜蜂、热区生态农业等17个专业研究所，其中昆明有11个研究所，其他6个研究所分布在楚雄、保山、红河、版纳、丽江等5个州（市）。全院学科发展涵盖了种植业主要农业产业和相关农业科研领域。“十一五”期间，根据农业部对全国1058个独立运行的地市级以上农业科研机构科研综合能力评估结果，我院有6个研究所进入全国100强。
“十二五”以来，我院获省部级以上科技奖励72项，其中国家科技进步二等奖1项；通过国家和省级审（认、鉴）定、登记农作物新品种236个，国审品种数占全省的100%；新品种保护授权70项、专利授权195项。截止目前，在职职工1671人，在职专业技术人员1315人，其中正高级人员224人，副高级人员429人。新世纪国家百千万人才4人，云南省科技领军人才（院士后备人才）2人，国家科技创新领军人才1人，“云岭学者”2人，云南产业技术领军人才9人。引进9名院士专家合作设立院士工作站，院内35名专家获准设立38个专家基层工作站。云南省学术技术带头人和技术创新人才115人，省委联系专家23人，省级团队10个，农业部团队3个，全国农业科研杰出人才3人，引进高端科技人才（含海外高层人才）10人。全院29名专家担任国家农业产业技术体系岗位科学家和综合试验站站长，48名专家担任省农业产业技术体系首席科学家和岗位专家。拥有国家观赏园艺工程技术研究中心等科技创新平台173个，其中国家级平台67个，省级平台106个。
“十三五”是我省全面深化改革、加快转变经济发展方式的攻坚期，是国家实施创新驱动发展战略和云南实施创新型云南行动计划的关键时期，是云南省推进“两型三化”发展和推进高原特色农业现代化、全力建设八大产业的攻坚时期。省农科院将始终坚持科研立院、人才强院、服务兴院、开放办院、依法治院的方针，秉持“笃耕云岭、致惠民生”院训与农科精神，认真贯彻创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，按照省委省政府相关要求，紧紧围绕全省发展的新目标新定位新要求，始终坚持以科技创新为中心，深刻把握全省农业农村经济发展和农业科技发展新形势、新动向和新特征，主动适应新常态，聚焦农业供给侧改革，落实国家藏粮于技战略及创新型云南行动计划，坚持突出重点的原则，把全院学科领域调整为6大学科重点学科群、13个重点研究领域和42个重点研究方向，突出具有特色的生物育种、现代农业产业体系建设、农产品质量安全、农业装备、农业生态环境保护等重大科技需求，以及生物种业、大健康产业、生态产品、农业观光旅游农业走出去等新兴产业、新型业态发展需求，狠抓新品种、新技术推广及新产品开发，抢抓机遇，厚植优势，凝练重大科技命题进行研究，抢占制高点，产出一批以新品种、新技术、新产品、新标准为标志的重大科技成果，形成一批国内具有不可替代性、不可复制性的研究特色，加快推进具有区域特色的高水平省级农业科学院建设，为推进高原特色农业现代化和农业科技创新作出新贡献。
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