中国农业科学院烟草研究所成立于1958年，是经国务院科学规划委员会批准、农业部筹建的国家农业专业研究机构。1959年4月经山东省人民委员会批准，正式增名“山东省烟草研究所”。1987年经国家科委、劳动人事部批准，增挂“中国烟草总公司青州烟草研究所”牌子，实行以中国农业科学院为主的三重领导体制，是我国唯一的国家级烟草农业科研事业单位。
经过半个多世纪的建设与发展，研究所已成为学科齐全、专业人才集中、技术储备雄厚、优势突出、科技创新和成果转化水平较高的国家级烟草农业综合性研究机构。主要承担国家烟草改良中心等21个创新平台运行，开展烟草种质资源收集与保存、生物技术等基础性工作和基础、应用基础研究；负责中国烟草种质资源、病虫害预测预警、突变体资源实体库和网络平台运行；承担烟草产业产品质量监督检验测试、转基因烟草环境安全监督检验、烟草质量安全风险评估等任务；承担全国烟草科技创新体系建设，开展国内外协作交流和研究生、博士后培养；承担全国烟区服务“三农”网络，开展农业高新技术创新、试验、示范工作。
研究所设有4个职能部门、8个科研部门和1个支撑服务部门，构建起以青岛所部为中心，青州所区、青岛试验基地、西昌试验基地为支撑的发展布局。2013年，研究所成功进入中国农业科学院科技创新工程，组建成立了6支科研创新团队。另外，结合研究所转型发展定位，还将拓展特种作物、滩涂农业等方面的研究领域，组建新的科研创新团队。
1978年以来，共取得科研成果172项，其中国家级奖13项，省部级奖75项。首次实现了国际烟草单倍体育种重大突破，烟草种质资源独家保存量居世界首位，牵头绘制了全球第一套烟草全基因组序列图谱，建成了全球最大规模的烟草突变体库。先后育成30多个国审烟草新品种。制定、修订国家和行业标准60余项。出版科技专著40余部，编写教材5部，发表学术论文3000余篇。
以服务“三农”为己任，创建了“面向行业、服务三农”的烟区现代农业科技支撑模式，构建起覆盖全国80%烟区的技术推广和科技兴农网络，每年仅为烟农增收一项达10亿元。在全国17个植烟省建立了85个核心科技示范园区，开展农业高新技术的试验、中试、示范和技术创新，在现代农业先行先试、农村经营方式转变中发挥了巨大的作用，实现了技术推广工作领域由农业、农民向新农村建设的深度拓展。中央电视台、《人民日报》、《科技日报》、《农民日报》等多家新闻媒体对烟草研究所“面向产区，服务三农”方面取得的成绩进行全方位的宣传报道。
拥有科研、实验用房（楼）等总建筑面积40000余m2，馆藏图书、资料、期刊共60000余册（部），保存烟草种质资源5300多份，独家保存量居世界首位。专用科研仪器设备1300余台（套），试验用地73.6公顷。其中，青州试验基地27.6公顷，青岛试验基地31.4公顷，西昌试验基地14.6公顷。
先后派出专家10余人次进行技术援外工作；派出专家学者100余人次到美国、日本、津巴布韦、匈牙利、土耳其、巴西等国进行学习考察与合作研究。邀请和接待国际著名烟草专家、学者60批200余人次来访和进行学术交流。与美国康奈尔大学、加拿大圭尔夫大学、美国园艺学研究实验室等科研机构建立了合作关系，并共建了“中加植物病虫害综合治理联合实验室”、“中美植物衰老联合实验室”，植物保健功能成分等国际合作平台正在筹建中。
现有在职职工206人，离退休人员141人。在职人员中，专业技术人员168人，45岁以下专业技术人员119人，占专业技术人员总数的71%。正高职称专家29人，副高职称专家54人，中级职称62人。具有博士学位49人，硕士学位66人，硕士以上学历占在职职工的一半以上。博士、硕士生导师51人，博士后研究人员4人。享受国务院政府特殊津贴17人，农业部突贡专家3人，烟草行业学科带头人2人，青年英才2人，国家公益性行业专项首席科学家1人，中国农业科学院科技创新团队首席科学家6人。建有作物遗传育种学、生物化学与分子生物学、作物栽培与耕作学和植物病理学等4个博士学位授权点和8个硕士学位授权点，在籍全日制统招博士、硕士研究生110余人，培养出农业推广硕士专业学位研究生100余人，与青岛农业大学联合培养烟草专业本科生，培养出大批高层次人才。
始终坚持“围绕中心、服务大局”，不断强化党的基层组织和党员干部队伍建设，全面提升精神文明建设水平和科技创新软实力，为建设现代农业科研院所和实现转型跨越发展提供了坚强的思想、政治和组织保障。先后荣获山东省、中国农科院文明单位和青岛市、中国农科院先进基层党组织等荣誉称号。
面向未来，烟草所将围绕“服务产业重大科技需求、跃居世界农业科技高端”两大使命，以实施科技创新工程为总抓手，以拓展学科领域和实现转型发展为核心，以提升科技创新和技术推广水平为主线，通过体制机制创新驱动，优化学科团队建设，搭建创新平台，强化党建、精神文明和创新文化建设，着力构建世界一流现代农业科研院所。
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