安徽农业大学马克思主义学院成立于2016年5月，是在人文社会科学学院原有思想政治理论课教研部基础上成立的独立建制的正处级二级教学科研机构。
马克思主义学院源于1954 年安徽农学院独立建院之后的马列主义教研组。1956年10月，在全院学生中开设“社会主义思想教育课”。1965年6月，马列主义教研组由安徽农学院党委直接领导。“文革”期间，安徽农学院下迁办学。1973年1月，宿县总院设政治理论教研室，由党委直接领导，在滁县、凤阳两个分院设政治理论课小组。1976年设马列主义教研室，直属党委领导。1979年随安徽农学院回迁合肥。1992年11月，成立人文社会科学系。1994年4月，文理学院成立，人文社会科学系并入文理学院。1995年安徽农学院更名为安徽农业大学。1998年10月，人文社会科学系成立直属系，为正处级机构并更名为社会科学部。2002年6月，社会科学部更名为人文社会科学学院。2004年7月设马克思主义理论与思想政治教育教学部（简称“两课”部），副处级建制，隶属人文社会科学学院。2005年3月，中宣部、教育部颁布新的思想政治理论课课程设置方案后，更名为思想政治理论课教研部。2016年5月，成立马克思主义学院。
马克思主义学院现有专任思想政治理论课教师27人，秘书1人，其中教授7人，副教授8人，博士和在读博士生11人，拥有马克思主义基本原理和思想政治教育两个硕士学位授权点，在校硕士研究生105人。学院下设马克思主义基本原理、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系、中国近现代史纲要、思想道德修养与法律基础、形势与政策、研究生思想政治理论课等6个教研室。承担全校本科生及硕士、博士研究生的思想政治理论课教学工作，负责全校本科生形势与政策课的教育教学。
目前，马克思主义学院积极围绕学校高水平大学建设目标，大力推进以课堂教学为主并将访谈式、辐射式、启发式、体验式方法融入教学的思想政治理论课多维立体教学方法改革；大力推进学校8个校外综合试验站、渡江战役纪念馆、安徽名人馆、安徽博物院、小岗村、高科技创新园区等思想政治理论课实践教学基地建设，切实发挥实践教学第二课堂作用；大力推进“青禾”校园网络文化中心和思想政治理论课网络学习考试平台建设，积极探索网络自媒体教学重要辅助作用；大力推进所有思想政治理论课程的无纸化在线考试，不断完善以无纸化在线考试为主，实践教学、网络教学考核为辅的思想政治理论课考核方式；大力推进思想政治理论课教师实践研修、学习交流和对外合作，不断提升教师的理论业务水平和教学科研能力，切实让学生对马克思主义真学、真懂、真信，让核心价值观入脑、入心、入行，积极引导大学生坚定道路自信、理论自信、制度自信和文化自信，努力让思想政治理论课成为大学生真心喜爱、终身受益、毕生难忘的优秀课程。
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