安徽农业大学植保学院的前身是1960年设于原农学系的植物保护专业，1973年独立建系。学院先后创设农业环境保护专业（环境工程专业）、应用微生物专业（生物技术专业）、环境科学专业、生态学专业、动植物检疫专业。2004年经学校院系、学科调整后更名为植物保护学院。
学院现有植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学（共建）3个省级重点学科；农业部农作物品种审定特性鉴定站、安徽省主要农作物品种抗病性研究与鉴定中心、安徽省农产品安全重点实验室（共建）、植物保护省级实验实训示范中心、安徽省植保技术培训中心等4个省部级平台；农业昆虫与害虫防治、作物安全生产（共建）、农业微生物学（共建）等3个博士学位授权点；植物保护学一级学科硕士授权点以及植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、农药学（共建）等3个二级学科硕士学位授权点；应用微生物、昆虫资源利用等2个研究所，1个本科实验教学中心。学院现有植物保护、动植物检疫2个本科专业，植物保护专业为国家特色专业，动植物检疫专业为安徽省综合改革示范专业。
学院现有教职工47人，教学科研人员37人，其中教授11人，副教授18人，博士学历的教师36人，博士生导师5人，安徽省学术及技术带头人(后备人选)4人，安徽省教学名师2人，省级教坛新秀2人，教育部和省级骨干教师2 人，享受省政府津贴1人，省委领导联系专家1人，全国模范教师1人，全国优秀科技工作者1人，教育部和省级骨干教师2 人，省模范教师、省优秀教师、省师德先进个人3人，安徽省教学名师2人。
学院立足研究教学型的办学定位，坚持“安康天下、崇学事农”院训，秉承严谨求实的学风和团结创新的作风，努力彰显我校传统学科的优势与特色。五十多年来，学院培养了一大批植物保护高级技术人才。其中，博士和硕士毕业生400余人，本专科毕业生5000余人，为我省以及国家现代农业发展做出了重要贡献。
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