学院最早可溯源至1922年南京高等师范专科学校（国立中央大学前身）农业专修科农艺系土壤门（专业）。1952年，南京大学（原国立中央大学）农学院农业化学系、金陵大学农学院土壤组和浙江大学农学院农业化学系的一部分合并成立南京农学院土壤农业化学系，1996年更名为资源与环境科学学院，是我国最早具有硕士、博士学位授予权的单位之一。学院以悠久的历史、雄厚的师资力量、丰硕的教学科研成果以及良好的社会服务在国内外享有盛誉。一批国内外著名的学者如中国工程院院士蔡道基和中国科学院院士侯光炯、朱显漠、王德宝、章申等都曾在本院学习或工作过，数十人成为欧美著名高校、研究所中的杰出学者,另有一批毕业生获得国家千人计划专家、国家杰青、教育部长江学者、“全国中青年科技创新领军人才”、全国农业科研杰出人才等荣誉称号。毕业生中也产生了一些省部级、厅局级、校（所）长等优秀管理者。

       全院现有教职工147人，其中教授、研究员和正高级实验师43人，副教授、副研究员、高级实验师41人。拥有“国家千人计划专家”、“国家杰出青年基金获得者”、“国家教学名师”、“全国农业科研杰出人才”、“全国中青年科技创新领军人才”、“全国师德标兵”、国务院学位委员会学科（农业资源与环境）评议组召集人、国家973项目首席科学家等。有入选国家“千人计划”青年人才、优青、教育部新世纪优秀人才、江苏省特聘教授、江苏省“333高层次人才工程”学术领军人才、江苏省杰出青年基金获得者、江苏省“青蓝工程”人才。有10多位教授任职国际学术组织、国际学术期刊编委、入选Elsevier中国高频引用作者榜单（农业与生物学领域）。拥有“教育部科技创新发展团队”1个，农业部和江苏省科研创新团队4个，“江苏省高校优秀学科梯队”1个。

       学院具有较强的学科实力，学科排名处于ESI国际生态环境领域前1%之列。学院设有农业资源与环境、生态学2个一级学科博士后流动站、拥有农业资源与环境国家一级重点学科(在2012年全国第三轮一级学科评估中排名并列第一)、江苏高校优势学科和“985优势学科创新平台”，年招收研究生250名（其中博士生50多名）、本科生180名左右。近年来，有3篇博士论文被评为全国百篇优秀博士论文，另有2篇被评为全国优秀博士论文（提名）。本科专业中农业资源与环境专业为教育部特色专业和江苏省首批A类品牌专业，环境工程专业为省品牌专业，通过了全国工程教育的专业认证；学院教学中心被评为“江苏省实验教学省级示范中心”。拥有《植物营养学》和《生态学》2个“国家级优秀教学团队”。“高级植物营养学”被评为教育部来华留学英语授课品牌课程。学院独立设有黄瑞采教授奖学金和十多个企业奖助学金，年资助在校生近百万元。

     学院科研实力雄厚，拥有国家工程中心（科技部），国家重点实验室（共建），国家地方联合工程中心（发改委）（共建），省部级重点实验室和工程中心。在固体废弃物的资源化利用、作物养分资源高效利用和阻控重金属积累的分子遗传基础理论和技术、有机污染物在土壤-植物系统中的生物学行为、农业固碳减排与气候变化应对、沿海滩涂等非耕地资源综合利用等方面引领本学科领域的发展；新型微生物有机肥研发、污泥和污水生物处理工程技术、绿色食品生产等许多成熟技术在生产实践中发挥了重要作用。近年来作为第一完成单位获国家技术发明奖二等奖1项，国家科技进步奖二等奖1项，国家教学成果二等奖1项，省部级奖励10多项。承担着一批国家和地方部门的重大科研项目，年到位科研经费近6000万元，年发表SCI论文150多篇（单篇平均影响因子约3.5），其中有较高的比例入选ESI高频引用论文。在国际交流方面，有教育部和国家外专局的“农业资源与环境学科生物学研究”创新引智基地（“111”项目），与美国、英国、德国、加拿大、澳大利亚、日本、香港等国家和地区的数十所著名高校和研究所建立了较为紧密的合作关系。

     学院建设目标：以地球科学与生命科学为交叉融合、以农业资源可持续利用和生态环境保护为特色的国际一流的研究型学院及知识创新基地和高层次人才培养基地。