吉林农业大学学位与研究生教育起步于1953年，是1978年我国恢复学位制度以来，首批具有招收硕士学位研究生的院校之一，是吉林省省属院校中最早获得博士学位授权及博士后科研流动站资格的高等院校。具有推荐应届优秀本科毕业生免试攻读硕士学位研究生的资格，具有推荐优秀硕士生进行硕、博连读生的资格。
目前学校硕士学位授权学科已涵盖农学、理学、工学、医学、管理学、法学、教育学等七个门类，博士学位授权学科涵盖农学、工学、管理学、医学、理学等五个门类。现有一级学科博士后科研流动站7个、一级博士学位授权学科9个、二级博士学位授权学科43个，一级硕士学位授权学科18个，二级硕士学位授权学科81个，具有农业硕士、工程硕士、兽医硕士、社会工作硕士、风景园林硕士、中药学硕士和旅游管理硕士等7个类别的专业硕士研究生招生和学位授予资格。有国家重点（培育）学科一个、省部级重点学科13个。
学校拥有一支高水平的研究生导师队伍。现有博士生指导教师
105人，硕士生指导教师779人。导师队伍中，拥有中国工程院院士1人、双聘院士1人，国务院学位委员会学科评议组成员3人，国家突出贡献专家4人，国家级教学名师1人，“长江学者”特聘教授2人，“千人计划”1人，“万人计划”3人，国家“百千万人才工程”6人，国务院特贴专家47人，科技部中青年科技创新领军人才3人，教育部新世纪优秀人才6人，“长白山学者”特聘教授7人、讲座教授5人，吉林省高级专家20人，吉林省拔尖创新人才54人。
学校一直以来都高度重视研究生教育，“十三五”以来，以发展为主题，以研究生培养质量为根本和生命线，外抓机遇求发展，内抓规范求质量，研究生教育取得了快速发展，研究生的个人能力和科研水平不断提高、综合素质不断提升。截至2017年9月，学校已招收各类研究生14508人，其中博士研究生872人，硕士研究生13636人；共授予博士和硕士学位10061人，其中授予博士学位441人，授予硕士学位9620人；在读研究生3279人，其中博士研究生319人，硕士研究生2960人，学校初步形成了多层次、多渠道、多类型的研究生培养体系。
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