黔东南州林业科学研究所是黔东南州林业局直属的财政全额拨款事业单位，始建于1958年，1966年并入贵州省林业科学研究所，1978年12月恢复建所。目前，黔东南州林业科学研究所内设机构为2室3中心，即办公室、科研业务室、对外交流合作中心、科技信息中心、林木良种繁育中心。宗旨是开展林业科学技术研究，促进科技发展；业务范围包括林木遗传育种、森林生态、森林培育、森林经营与保护、园林绿化、水土保持等方面研究及林业科学技术推广、咨询、培训，林木种苗、园林植物等林产品开发与利用。
黔东南州林业科学研究所人员编制39人，现有在职职工26人，其中专业技术人员16人，行政管理人员8人，工勤人员2人。在专业技术人员中有工程技术应用研究员（正高）2人，高级工程师（副高）2人，工程师4人，经济师1人，助理工程师7人。
在黔东南州林业局的领导和支持下，黔东南州林业科学研究所不断攻艰克难，取得了一系列研究成果，为黔东南的经济社会发展做出了积极的贡献。30多年来，黔东南州林业科学研究所共荣获部、省、州级科技进步奖35项，其中林业部科技进步二等奖1项，省科技进步二等奖1项，三等奖6项，四等奖4项；省林业厅科技进步二等奖1项，三等奖2项，州科技成果转化二等奖1 项；州科技进步二等奖4项，三等奖9项、四等奖6项；先后发表科研论文100余篇，主持编著出版专著2 部（《立木蓄积与原木材积表》、《黔东南常见森林植物图谱》）；同时，先后有郭玉明、吴朝斌获“国务院政府特殊津贴”、杨光勇获“贵州省五一劳动奖章”和“贵州省青年科技奖”，余忠权获“贵州省科技兴农人才奖”、王定江、杨汉远获“贵州省绿化奖章”，王定江获“全省绿化先进个人记一等功” 等荣誉称号。
目前，黔东南州林业科学研究所国家、省、州科研项目共有25项，其中主持20项，协作5项（中国林科院资源昆虫所1项、贵州大学林学院1项、省植物园1项、省林科院2项）。
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