广东省微生物研究所前身为中科院中南真菌研究室，于1964年5月19日经国家科委批准成立，1972年改为现名，隶属于广东省科学院。依托研究所，1999年广东省微生物分析检测中心经广东省编办批准成立。现有员工284人，在读博士和硕士研究生48人，在站博士后7人。其中专业技术人员205人，博士55人，硕士67人。研究员27人，副研究员32人。建成由中国工程院院士、广东省科技领军人才、国家优秀青年基金获得者等为领军科学家的六大研究中心，在微生物应用基础研究、行业共性关键技创新及科技服务、微生物高技术成果转移转化方面，研究所己成为国内领军科研机构。
作为具有热带亚热带区域特色与优势的微生物学专业科研机构，面向国家和广东省社会经济发展对微生物学的重大需求，长期重点致力于具有热带亚热带特色的微生物资源、微生物与生态环境、食品安全及健康等相关基础、应用基础及公益性研究，开展为支撑生物技术相关行业可持续发展的共性关键技术研究及储备性前沿技术探索。所内建成了省部共建华南应用微生物国家重点实验室、国家广州化学品生态环境安全评价服务中心、国家生物产业基地公共实验中心、国家专利菌种保藏机构—广东省微生物菌种保藏中心、华南地区最大（全国第二大）的大型真菌标本馆、广东省饮用水安全应急技术研究中心等一大批国家和省部级科技创新平台。目前研究所已形成资源微生物学、环境微生物学、分析微生物学和霉腐微生物学等四大国内优势学科。具有博士研究生和硕士研究生培养能力，建成两个由国家人力资源和社会保障部批准的博士后科研工作站。广东省微生物学会、广东省食用菌行业协会、广东省生物技术生产力促进中心、广东省质量监督食用菌检验站均挂靠该所。同时兼任中国食用菌协会副会长单位。
建所五十多年来，研究所在科技创新、行业共性关键技术及科技服务和科技成果转移转化等方面取得了显著成绩。在科技创新方面，先后承担了国家“973”计划、国家“863”计划、国家重大科技攻关、国家科技支撑、国际合作、国家自然科学基金、农业科技成果转化、国家生物高新技术产业化示范工程、广东省教育部产学研、粤港招标项目和省基金团队、省重大重点科技攻关以及科技援藏、广州市重大重点科技项目等重大重点科技项目。共取得科技创新成果152项，其中国际先进、领先水平的76项；获得国家及省部级成果奖111项，其中国家级成果奖7项、省部级一等奖16项；共申请专利365件，授权专利209件，其中发明专利195件。2010年被认定为“广东省知识产权示范事业单位”和“全国企事业知识产权试点单位”；主持和参与国家、行业和地方标准的制修订110多个；在国内外核心学术刊物发表论文2000多篇，出版科技专著36部。获“十一·五”国家科技计划执行优秀团队奖。
依托于该所建设的广东省菌种保藏与应用重点实验室在2000年、2003年、2006年和2010年连续四次被评为广东省优秀重点实验室；广东省微生物应用新技术公共实验室2008年以优异成绩通过广东省科技厅的验收；在广东省菌种保藏与应用重点实验室和广东省微生物应用新技术公共实验室的基础上组建的广东省华南应用微生物重点实验室2009年获科技部批准组建省部共建国家重点实验室培育基地，2012年4月通过科技部组织的专家验收，2013年3月通过科技部组织的专家论证，成功晋升为省部共建华南应用微生物国家重点实验室。国家重点实验室的主要研究方向为“热带亚热带微生物资源多样性与利用、环境微生物与区域生态安全、有害微生物监测与防控”。目前实验室拥有实验面积6750平方米，包括公共实验室、大型仪器室、华南微生物资源中心（包括标本库和菌种保藏中心）、环境微生物实验室、微生物检测与控制实验室、霉腐微生物实验室、食药用菌生理功能及分子机理实验室、工业化前期实验室及动物实验技术公共服务平台等；拥有10万元以上各类仪器设备127台套，原值5338万元，其中30万元以上设备49台套，包括流式细胞仪、透射电子显微镜、扫描电子显微镜、激光共聚焦显微镜、原子力显微镜、分子相互作用仪、高通量基因测序仪、数字PCR系统、超高效液相色谱仪、微生物电解呼吸仪、质谱联用仪、气相色谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、高性能三重串联四级杆液质联用系统、高速冷冻离心机、全自动微生物鉴定系统等，以上设备大部分是2008年以来购置，整体仪器设备达到国际先进水平，以上实验室及设备完全具备了分子水平、细胞水平及基因水平的研究要求。
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