吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心（以下简称工程中心）于2007年由教育部批准，依托吉林农业大学立项建设，2013年正式通过教育部验收。该工程中心是在老一辈菌物学家周宗璜先生及其弟子李玉院士的带领下，在原吉林农业大学菌物研究所的基础上建设。历经40余年的建设和发展，走过了从植物病理学专业、菌类作物学科，到菌物研究所、食药用菌教育部工程研究中心的发展历程。
　　工程中心现有实验室面积5000平方米，菌菜基地面积9000平方米，仪器设备价值总计达6000余万元。目前开展包括菌物资源与保育、食药用菌遗传育种、食药用菌规范化栽培、食药用菌活性成分与精深加工等四个研究方向，建立了从产品开发到成果转化的全产业链科研平台，构建了从基础科学研究到产业的核心技术研发体系。依托工程中心，建有中俄及中国白俄罗斯菌类资源保育中心、菌物标本馆、农业部北方食用菌资源利用重点实验室、吉林省发改委菌类作物工程实验室、吉林省食用菌科技创新中心、中央地方共建应用菌物中心实验室、经济菌物高端科技创新平台等科研平台，成为了我国重要的食药用菌人才培养基地和产业化示范基地。
　　工程中心现有在职科研人员20人，其中中国工程院院士1人、俄罗斯科学院外籍院士1人，蒙古国自然科学院外籍院士1人，教授12人、副教授6人、讲师7人，在读硕、博研究生及博士后研究人员200余人。获批教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队。建设了一支以院士为核心，以国家“千人计划”人才等为骨干，以“教育部创新团队”和“国家级教学团队”为支撑的人才队伍。在教学上创建了食用菌专科专业和应用生物科学（食药用菌方向）本科专业。依托植物病理、菌物学、菌类作物博士授权学科和博士后流动站，形成了从专科、本科、硕士至博士及博士后流动站的食用菌人才完整的教育体系，培养了一大批不同层次的优秀人才，为我国的菌物事业做出突出贡献。创办了《菌物研究》学术期刊，承担国家科技部973、863、农业部948、国家科技支撑计划、农业部产业技术体系、国家自然科学基金等国家级、省部级和与企业合作的多项研究课题。近五年来，在学术刊物上发表论文800余篇，其中120余篇被“SCI”收录或引用，出版菌物学术著作20余部（其中《中国大型菌物资源图鉴》获得国家出版基金资助，是国家十二五重点规划图书）、新农村建设栽培新技术系列科普著作30余部，获得国家授权发明专利60余项，获得国家自然科学奖二等奖1项、国家级教学成果二等奖1项、何梁何利基金科学与技术进步奖1项、吉林省科技进步一等奖3项、二等奖7项、三等奖11项。2014年工程中心被中组部、中宣部、科技部等四部委授予“全国专业先进集体”荣誉称号。2015年学术带头人李玉院士荣获首届戴芳澜科学技术奖“终身成就奖”。
　　工程中心注重产学研协同创新，构建了立足东北、面向全国的多团队协同、多技术集成的协同创新模式。研究团队在李玉院士的带领下将基础理论与应用技术相结合，以创新成果为依托，研究解决北方食用菌工程技术难题，促进了食用菌产业升级。收集保存菌物标本与菌株达3万份，建成了位居国内前列水平的菌类种质资源库。在食用菌领域筛选培育出玉木耳、玉珊瑚等45个品种，8个通过国审；创新改进了全日光栽培黑木耳等8项关键技术，改变了传统栽培模式；创新集成了无公害黑木耳、香菇、灵芝等栽培上的9个标准技术体系，两棚制花菇生产等3种生产工艺，米菇间作等6项生产模式。建立生产示范基地26个，以“专家+示范基地+农业技术员+科技示范户+辐射带动农户”的“五位一体”食用菌技术模式进行普及推广。积极参与精准产业扶贫，指导培训技术骨干8000多人次，带动3万农户，累计推广60多亿袋（菌包），在创造直接经济效益近80亿元。
　　工程中心实施开放战略，响应国家“一带一路”的倡导，不断拓展对外合作空间。五年来，先后与美国、日本、韩国、俄罗斯、赞比亚、坦桑尼亚等国家、地区的20多所院校和科研单位建立了交流合作关系，举办第八届国际黏菌系统学及生态学会议、国际经济菌物大会、中国工程科技论坛等国际、国内食用菌行业会议20余次，并在江苏丹阳、福建漳州、浙江庆元等地建立院士企业专家工作站5个，成功转化多项科技成果，帮助相关企业获得较大经济效益，推动了食用菌产业升级和转型。积极搭建平台为国内外从事有关食药用菌研究人员提供科研及成果转化的平台；为海外留学生短期回国工作提供宽松的科研与开发条件，促进国际合作与交流。提供东北地区相关企业的委托技术研究及相关技术服务，立足东北，振兴老工业基地，并面向全国，加速科技成果转化与推广，从而服务带动区域经济的发展。
　　工程中心秉承学校“明德崇智、厚朴笃行”的校训精神，遵循“积聚一流科研人才、建设一流科研平台、培育一流科研成果”的原则，努力建设为食用菌人才聚集地、产品孵化园、项目的汇聚池、产业的示范区，为国家食用菌产业的升级发展和区域经济的发展做出贡献。