云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所（以下简称“生物所”）建于2004年6月，其前身是创建于1986年的云南省遗传工程研究室（“遗传室”）、云南省农业科学院分析测试中心（“测试中心”），以及1988年建立的云南省农业科学院品种资源站（“品资站”）。1992年，遗传室与测试中心合并成立云南省农业科学院生物技术研究所，同年，经云南省人民政府批准，依托云南省农业科学院，在所内建设云南省农业生物技术重点实验室，1994年建成并通过验收，是我国地方农科院系统最早成立的农业生物技术研究机构之一。1998年底，经云南省人民政府省院省校合作办公室批准，与北京大学植物基因工程与蛋白质工程国家重点实验室合作共建“北京大学--云南省农业生物技术联合实验室”。2002年经考核评估，被命名为“农业部南方高原农业生物技术重点开放实验室”。2004年，云南省农业科学院进行学科结构调整，生物技术所与品资站合并成立云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所。
研究所和重点实验室不断凝炼优化学科方向，目前主要有作物种质资源、农作物生物技术育种、应用植物病毒三大学科方向，建设农业生物资源与农业生物技术两大平台，是我国南方高原地区特色农业生物资源的生物技术研究、开发、国内外合作交流及人才培养基地。建有国家人事部博士后科研工作站，与云南大学等单位合作的国家生命科学和技术人才培养基地，共建云南大学生物化学与分子生物学博士点和硕士点。与云南大学植物学、细胞生物学、微生物学、生物工程专业，云南农业大学作物遗传育种专业，昆明理工大学生物工程学院微生物、植物学、生物化学与分子生物学专业、中国农业科学院研究生院、华中农业大学、大理学院等联合招收硕士研究生，与中国科学院昆明植物所联合培养博士及硕士研究生。与美国内华达州立大学Jeff Shen实验室合作共建联合实验室，与明技科技有限公司共建美国Backman Culter公司基因测序联合实验室，与美国阿拉斯加大学、康奈尔大学、德州农工大学，意大利国际植物遗传资源研究所，法国国际农业研究中心（CIQAD），法国联邦作物科学中心，韩国农村振兴厅（RDA），越南国家农业科学院等机构开展了合作研究项目。
“十五”以来，本所主持承担国家自然科学基金项目多项，其中地区联合资助重点项目2项，承担国际合作、国家“973”子课题、“863”重点项目子课题、国家现代农业产业技术体系、公益性行业科研专项、国家自然科学基金等项目 项，省科技攻关、自然科学基金重点项目、以及企业委托的横向科技项目140余项，发表论文400余篇，其中SCI收录25篇，出版专著5部，其中科学出版社2部，获国家发明专利10项，获国务院特殊津贴1人，云南省中青年学术和技术带头人11人，获省部级科技成果奖10项，其中一等奖2项，二等奖3项，成果累计示范推广600多万亩，新增产值6亿元。
目前，生物所在职职工100人，研究员16人，副高22人，其中重点实验室博士后合作导师4人，博士生导师2人，硕士生导师7人，博士生15人，在读博士后5人，硕士生31人。入选云南省创新团队培养2个。
研究所将按照现代科研院所建设的要求加强机制创新，努力争取进入全国百强农业科研所。重点实验室按照“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，大幅度提高原始创新和集成创新能力，加强推进农业生物技术成果在生物产业发展中的转化应用，努力争取成为国家重点实验室的培养对象。
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