重庆市农业科学院是以原重庆市农业科学研究所、市果树研究所、市作物研究所、市茶叶研究所、市农业机械研究所为基础，由重庆市人民政府于2005年12月批准成立的公益型农业科研事业单位。下设8个职能处室、15个研究所（中心）。 依托建有农业部农产品质量监督检验测试中心（重庆）、重庆市农业重点实验室、重庆市玉米工程技术研究中心、重庆市茶叶工程技术研究中心，控股重庆种业（集团）有限责任公司、重庆金穗种业有限责任公司、重庆云岭茶业科技有限责任公司。
全院有干部职工1,338人，其中：离退休人员787人，在职职工551人。在职职工中具有高级职称的专业技术人员117人，有博士学位5人、硕士学位41人，享受国务院特殊津贴专家25人，重庆市学科技术带头人5人，后备人选6人，重庆有突出贡献的中青年专家2人，重庆市“322重点人才工程”第二层次人选5人；“十七大”党代表1名，十一届、十二全国人大代表1名，市人大代表3名，市政协委员5名，获首届振兴重庆争光贡献奖1名，“重庆市首届有突出贡献的中青年专家”2名。
     “八五”以来，全院获科技成果奖204项次，发表学术论文1400余篇，创新材料120多份，育成新品种80余个。其中，优质水稻育种进入全国先进行列，Q优6号和渝优600为国家认定的超级稻品种；玉米育种在西南地区处于领跑地位，渝单系列品种在全国推广运用；糯玉米育种居于全国领先水平，渝糯7号为国家糯玉米区试对照种；两系小麦材料创新、再生稻栽培等也居于全国领先水平；蔬菜育种、优质小麦育种、茶叶育种与加工、果树资源开发利用等领域也在西南地区保持领先水平；拥有蔬菜种质资源占全国总资源的四分之一、西南地区的四分之三；研制的“云岭永川秀芽”为全国唯一的针型名茶，为重庆十大名茶之一。直辖以来，推广水稻、玉米、小麦、蔬菜、茶树、果树等良种100多个，推广面积1200多万公顷，为重庆及周边地区农业和农村经济发展提供了强有力的科技支撑。
      “十一五”期间，重庆市农科院以“西部一流，全国先进”建院目标定位，本部选址九龙坡区白市驿镇，规划占地面积2600亩，按 “一个核心，四大基地”的布局，即建设以院本部为核心，永川粮食作物试验示范基地、永川茶叶试验示范基地、江津果树试验示范基地、黔江武陵山区农业综合实验站等四大基地的创新平台；坚持“科研立院、人才兴院、服务强院”战略，以机制创新为引擎，全面加强“基础条件、学科体系、人才队伍、和谐农科院”四大建设，提升科技创新能力和科技服务能力，努力建成集农业科研、示范、展览、培训、加工、物流为一体的农科院，展示重庆现代农业的示范园区和山地农业科技创新中心。

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