速冻食品、冷饮食品、肉蛋奶制品加工车间与包装间，都有比较高的卫生要求，特别是生鲜食品由于最终没有加热消毒工序，生产车间的微生物污染是影响产品质量的极重要因素。目前我国大都采用紫外灯消毒，由于前述紫外法杀菌天然的缺点，食品微生物指标很难控制，在夏季尤其严重。臭氧用于食品加工车间消毒效果很好，浓度也比冷库消毒要求低的多，一般0.5－1.0ppm即可达到80％以上的空气杀菌率，并可去除车间异味。蛋品加工厂生产蛋黄酱、冷饮厂生产冰激凌、雪糕，都有搅拌、膨化工序，产品与空气强烈接触，试用臭氧后车间微生物降低90％，产品质量达到合格标准，而一旦停止使用臭氧，产品中细菌含量逐日快速增加。 
    车间工具、包装物杀菌要求臭氧浓度高一些，应达到5-6ppm。1994年9月，天津一分割、包装煮制鸭车间（约150m3），用3g/h的启达臭氧发生器消毒2小时后，经区卫生防疫站检测，结果如下： 
空气细菌总数 
    消毒前：冷却间105个/m3，包装间1325个/m3。消毒后：冷却间26个/m3,包装间0个/m3。食品操作间内消毒后物品表面细菌情况： 
a.工作台、菜刀、菜板；无菌落生长，无大肠菌。 
b.门把、地面、手套、真空机、成品箱、细菌总数均小于1个/cm3，无大肠菌。 
    原天津外贸食品厂1300m3速冻食品加工间，装有30W紫外灯48盏，后改装3g/h臭氧发生器两台，每天开机1小时，细菌杀灭率达到91.3％，产品合格率提高3.2％，1991年度节支消毒管理费用13321.44元。 
    加工肠衣、皮革、海产品等气味污染严重的车间使用臭氧除味也很有效、实用，是很好的劳动保护手段。 
    食品加工间杀菌净化的一个重要问题，是确定臭氧发生器的开机时间，原则是使上班时加工间内细菌数处于最低水平。一般是下班后开机，如上班前能开机更好。要留有停机臭氧分解时间，（大约半小时）待上班时嗅不到明显的臭氧气味即可。 
    要求更高的无菌操作室可以在闭路空气循环中进行杀菌而又使工作人员不接触臭氧，该项应用技术已成熟。 
    目前北京、天津、山东等全国各地一大批食品出口企业在食品加工间中使用了臭氧发生器，提高了产品合格率，取得了良好的经济、社会效益。