食用菌生产在前期阶段主要是“防”，而不是发生污染时想办法再怎么“治”。几十年年的经验证明，只要是菌袋污染了——再想什么办法都不好使的“马后”棋，一是因为太过于麻烦。其次是，“治疗”的过程中由于翻倒等因素，反而给杂菌侵染制造了条件机会，添加新的污染或造成二次传染。结果是，旧的病还没治完，新的污染就又出来了。如污染处注射杀菌剂——这也不好使。
1.原因往往是一次注射治不住；
2.再就是注射的药物药效作用和注射药水的量是怎样的一个标准(程度)；
3.和如何进行注射，针怎么刺，什么地方直刺，什么地方斜刺；
4.注射后胶带封孔；
5.注射前后如何进行环境消杀。
这些环节都需要在实践中探索“设计”，做到合理。即需要注意这等等实践因素问题、合理化的问题。因此，食用菌届并不提倡注射治疗。主要是，要做好“前馈控制”，把注意力、重点都放在“前段”生产的各个生产环节的到位把关上。主要是，在加强无菌操作意识和病虫害防治意识的生产作业上下功夫。如把好拌料装袋关，冷却接种关和发菌管理关。然而菌袋发菌阶段，如何进行科学管理和合理到位的管理操作最为重要。在食用菌生产中，一般前边几个生产环节没有问题或小有问题，但往往是在发菌管理环节出现大问题。这是最需要注意的。当然，这与经验技术和是否能够进行科学的合理的发菌管理操作有着直接的关系。