昆明植物研究所杨祝良专题攻关组对云南嵩明、武定和四川广汉、德阳等羊肚菌主产区的23份土壤样品的真菌和细菌进行高通量测序，以探明羊肚菌产量与真菌、细菌群落之间的相互关系。研究发现，与未栽培羊肚菌的土壤相比，栽培羊肚菌的土壤样品中菌群落组成的多样性呈现不同程度的下降趋势，而间作一年土壤与未种植土壤的菌群落组成无显著性差异。在每公顷产量超过1500千克的羊肚菌高产土壤中，参与固氮和硝化的细菌占据网络中心地位，从而可能促进了羊肚菌结实。因此，此后的研究，应重点关注羊肚菌与一些具有固氮和硝化能力的微生物群落的相互作用。
此外，研究还发现在羊肚菌低产或绝产地，如木霉、镰刀菌、青霉、链霉菌等致病真菌作为优势群落存在，致使土壤微生物群落真菌化，或是羊肚菌绝收或低产的影响因素之一。此项研究为羊肚菌设施化、工厂化栽培基质筛选和农法栽培连作障碍形成机制研究提供了理论参考。