1. 质量高于产量。从长远和高度上来讲，我国食用菌产业正从数量扩张期向质量提升期转变。顺应市场提高质量要求强烈、数量增长空间渐小的趋势，生产单位和种植户减少用于扩大规模的资金投入，应将发展资金投入到提高生产质量、改善生产设施条件上来，要走绿色产业路线，逐渐走上标准化、设施化、工厂化、绿色无公害道路，以少胜多、以强胜弱、以优胜劣。发展食用菌工厂化生产能提高食用菌产品品质、解决产品周年均衡供应、拉动食用菌餐桌经济，从而提升我国食用菌产业的发展水平。
2. 强化加工企业的主体责任。落实企业主体责任，加强行业自律，严格对原料收购、加工、经营的管理，建立健全产品质量追溯源制度和质量责任追究制度，进一步规范食用菌生产加工行为，严格按照行业标准和国家标准来使用添加剂。
3. 加大食用菌产品安全监管力度。
(1)强化投入品监管。建立完善的投入品准入制度，对进入产地的农药和食用菌投入品全部进行登记和清查，公布禁用农药名单和推荐药品名单，对假、冒、伪、劣等不合格投入品坚决清除出市场。
(2)加大抽查检测力度。对食用菌产前、产中、产后等各个环节加大检测力度，确保食用菌产品及其加工产品质量安全。对于出口食用菌产品，采取企业自检、检测站抽检、出入境检验检疫局核检相结合的方式，做到每个环节都严格把关，确保产品质量安全，坚决杜绝问题产品上市销售。
4. 建立健全预警通报与应急体系。地方政府能根据产业监控监测结果和质量安全状况，定期开展风险评估，对农兽药残留等重大质量安全隐患及时发布预警通报，提出整改方案并采取相应纠偏措施。建立食用菌质量安全事件应急处理机制，对重大突发事件能及时启动应急处置预案。
5. 建立产品质量可追溯体系。现在通过农业物联网在食用菌生产中的应用，可准确地监测种植环境，并对环境参数的波动进行预警，同时可随时追溯历史记录。做到输入或扫入编码即可查清生产企业或基地生产者，一旦出现问题，可逐级溯源问责。