食用菌是一类大型真菌的统称，细菌、真菌、病毒都属于微生物，他们在自然界有着相同的分类学地位，只不过食用菌是大型真菌，我们可以都过肉眼可见。微生物，是自然界中最不稳定的，随着繁殖代数的增多，和环境的影响，不可避免的会出现退化，甚至会变异。而对于我们用食用菌生产的菌种来说，就更容易出现退化。食用菌生产者总是希望一个优良的菌种能够一直用下去，而不出现退化的现象，但是，这只是食用菌生产者一个美好的愿望而已。

对于食用菌工厂化生产，菌丝阶段的退化现象容易被生产者观察到，也容易避免。但是出菇阶段表现的退化就不容易确定了，首先出菇阶段表现的退化影响更大，当发现后，还至少有两个月的生产量在培养室中。因此，食用菌生产者都希望能够在菌丝阶段就能够判断出来单产和品质的退化。
想法是好的，实际上是很难做到的。现在食用菌工厂化的技术能力，一般不会出现培养阶段表现出来的退化现象，除非这个工厂技术水平太差。在菌丝生长阶段没有明显异常的情况下，判断未来出菇单产和品质下降是不现实的，也不能草率的做出决定，菌丝培养阶段很有可能受到其他不稳定因素而导致的异常影响，比如：原材料的变化，配方的变化，季节的变化，工艺的变化等，都会对菌丝生长阶段的表现产生影响，但是这些影响都是短暂性影响，而不会影响到菌种，在现实生产中，不排除这些异常因素的影响，直接确定菌种退化的风险是非常大的。

既然菌种退化不能早期发现，那么能不能让菌种不退化呢？这是不可能的，食用菌的生物学地位决定了一定会产生退化现象，即使大型制药公司的发酵菌种保持生产能力也是一个很大的课题。作为食用菌生产者，我们能做的是尽可能的延长一个优良菌种的使用时间。从长期看，必须站在育种的角度去维持一个优良菌种的性状稳定。显然，这需要人员和资金的投入，现在全中国范围又有几家公司愿意做这件事呢？

目前，日本的金针菇、蟹味菇、香菇的育种工作已经进行了几十年，而我们才刚刚开始，这不是你我振臂一呼就能解决问题的。