金针菇的工厂化栽培于20世纪50年代在日本兴起，发展较为迅速。主要有瓶栽和袋栽两种工厂化生产模式，机械化程度高的工厂化生产企业一般都采用瓶栽系统。
    瓶栽系统中，拌料、装瓶、搔菌和栽培结束后的挖瓶等均采用机械化作业。已建立起从培养料配制、拌料、装瓶、灭菌、冷却、接种、培养、搔菌、催蕾、抑制、生育、采收到挖瓶一整套标准化生产工艺。
    袋栽系统不需要挖瓶机等，目前尚没有袋栽搔菌机，因此机械化程度没有瓶栽系统高，投资较瓶栽系统低，但操作用工量较大，产品外观不如瓶栽结实整齐。
    福建等地采用再生法袋栽出菇。初次形成的菇蕾通过间歇吹风，让针尖菇蕾失水萎蔫，再移入另一催蕾室，在倒伏菇柄基部重新形成菇蕾的栽培方法。其基本工艺模式是配料—装袋—灭菌—接种—发菌培养—诱导催蕾—通风摧蕾—催蕾再生—驯化—抑蕾—发育—采收。