金针菇在亚洲、欧洲、北美洲、澳洲等地区广泛分布，其发现及食用历史起源于唐代。古人所说的“烂构木两三日即生菇”，就是指金针菇从构木上生长出来。但在当时被叫做小火菇或冬菇、冻菇。

      叫小火菇是因为野生金针菇连成一片，外形呈火红色，像一团正在燃烧的火焰；叫冬菇或冻菇是因为野生金针菇通常在15℃之下才有机会生长。1872年，金针菇由美国真菌学家摩西·阿什利·柯蒂斯（Moses Ashley Curtis）描述并命名为Agaricus velutipes。1947年，德国真菌学家罗尔夫·辛格（Rolf Singer）将金针菇移到了Flammulina属（金针菇属），命名为Flammulina velutipes(毛腿冬菇）。Flammulina，是火焰的缩小形，指小火焰菇属；种名加词“velutipes”意思是“似天鹅绒的”。金针菇起源于冬菇，中国、日本的冬菇在形态上与欧洲的十分相似，大部分把两者当作近亲，因此该学名一直延续用了80多年。近年来，我国真菌学家杨祝良等研究发现分布于中国的金针菇和欧洲毛腿冬菇是两个完全不同的物种，因此，给金针菇起了一个新学名“F.filiformis”。金针菇在日本叫做 enokitake,enoki是朴树的意思，take意思是采摘的蘑菇。英语名称来自日语，叫 enoki mushroom。