食用菌有很多种类是很有药用价值的，成为名贵的中药。食用菌作药物应用，在我国已有悠久的历史，但过去靠采集野外生长的，数量有限。随着人们对这些药用菌认识的加深，国内外越来越多人接受使用，进行人工的大规模栽培就显得十分必要。现在已经明确药效的食用菌有如下一些种类，而且随着研究的深入，将会有更多种类被开发利用。
一、灵芝：在李时珍的“本草纲目”中记载了青芝、黄芝、赤芝、白芝、黑芝、紫芝六种灵芝的功效，证明有补中、固肾、益脾、补肺、止血等作用。现已有灵芝冲剂、灵芝茶等商品。长期服用对治疗肝病有作用。
二、银耳：具有滋阴、补肾、润肝、生津、清热等作用。民间多作滋补品服用，以强身健体。
三、茯苓：具有安神滋补、助消化、退热、利尿、消肿解毒、抗癌等作用。广东的龟龄膏是驰名中外的祛湿解毒滋补品。
四、猴头菌：具有抗癌作用，对消化不良、慢性肠胃病，特别是胃溃疡、神经衰弱等有疗效。已制成片剂、口服液等。
五、蜜环菌的中药有天麻：有益气、定惊、养肝、止晕、祛风等作用。民间已习惯使用。
六、冬虫草：有消炎、活血、增强肌体免疫力、抗癌消肿解毒等作用。已制成各种保健品。
七、安络小皮伞：具有活血去瘀、消炎镇痛作用。用于治疗刀伤铁打、风湿关节炎等疾病。
八、木耳：具有清肺益气、补血活血、镇静止痛、降低血凝状、吸附能力强等作用，成为除尘清理肠胃、疏通肺气的良好保健品。
九、香菇：具有益肝、益气、解毒、降血压、减少胆固醇、治理小便失禁，增强身体免疫力、抗癌，帮助骨骼及牙齿成长，治疗动脉硬化等作用。已制成口服液保健品。
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