金针菇不能生食，食用时一定要加工熟，这是因为在新鲜的金针菇里含有一种叫“秋水仙碱”的物质，当人食用后，这种物质容易因氧化产生有毒的“二秋水仙碱”，并对胃黏膜和呼吸道黏膜产生强烈的刺激作用，会在短时间内出现腹痛、腹泻和呕吐症状。大量食用后，还可能引起发热、水电解质平衡紊乱、便血、尿血等严重症状。
    秋水仙碱易溶于水，充分加热后可以被破坏，所以，食用鲜金针菇前，应在冷水中浸泡2小时；烹饪时把要金针菇煮软煮熟，使秋水仙碱遇热分解；凉拌时，除了用冷水浸泡，还要用沸水焯一下，让它熟透。
    另外，市场上出售的干金针菇或金针菇罐头，其中的秋水仙碱已被破坏，可以放心食用。