市面上常见的金针菇通常有两种，一种是黄色的，一种是白色的。前者菌盖中央比边缘稍深，菌柄则上浅下深；后者偏于乳白色而非纯白——不管哪一种，如果颜色通体均匀鲜亮，就很可能经过熏、漂、染或用添加剂处理过，此时可闻一闻有没有异味。
另外，挑选菌盖是半球形的，不要长开的，若长开，就老了，菌柄则在15厘米左右是最好的。金针菇所含的人体必需氨基酸成分较全，赖氨酸和精氨酸的含量特别高，有益于儿童脑细胞的发育，国外称其为“益智菇”，因此特别适合孩子食用。脾胃虚寒的人不宜多吃。