猴头菇要在子实体完全成熟前采收。标准是：子实体大小基本长足，坚实，孢子还未散发，菌刺1-1.5厘米长即可采收。过晚采收，则肉质松、苦味重，不利加工，而且，影响下一批菇的形成。采收时，一手压住培养料，另一手将子实体轻轻拔下或用小刀割取。
采收后，及时清理料面，轻轻搔一下菌，让菌丝体复壮。在适宜条件下，过15-20天就会陆续出现二潮菇。一般可采收2-3次。从接种到采收结束大约需3个月．采收后保鲜不可超过12小时，少量可鲜销，量大可晒干，也可在60℃下烘干，再用双层塑料袋密封贮藏。