优良的草菇菌种应是菌丝生活力强，产量高，产菇质量好。优质草菇应该是包皮厚，有韧性，不易开伞，菇形好，有光泽，食用时口感好，有风味。
　　⒈自然留种：在一些边远的、没有现代制种设备和技术的地方仍有采用此方法。
　　（1）旧草种。菇畦采完第一批菇后，第二批菇要长出时，选择产菇多，幼菇生长一致，菌丝旺盛，无病虫害的部位，把稻草抽出，在通风处阴干后，存入清洁干燥的瓦缸内，用土封口保存。第二年种菇前一个月，把草种取出，撒上米糠和水，堆沤三天，即可作菌种用。