菇房和菇架每季用完后都要消毒。老菇房的菇架、地面、墙面的空隙等地都能隐藏大量的病原菌和杂菌的孢子，当新料进房，温湿度适宜时，这些孢子就会萌发，形成新的侵染源和污染源，对下季菇造成为害。菇架消毒常采用如下方法：
　　（1）暴晒。废料清出后，将菇房彻底打扫干净，能够拆除的物件全部移出室外，先用清水清洗，然后在阳光下曝晒，或用0.1%高锰酸钾溶液浸泡半天后再晒干。清洁后的菇房要打开门窗，充分通风换气和干燥。
　　（2）喷石灰水。通风后，在墙壁、床架立柱和屋顶涂一层石灰浆或石灰水，地面撒一次