上海市农业科学院食用菌研究所成立于1960年，是我国建所最早、科研体系完备、学科门类齐全、人员层次较高、综合技术力量较强的食用菌专业研究所。现有职工71人，其中高级职称19人，博士25人，硕士28人；国内外客座研究员7人，包括外籍教授2人；中国科学院院士顾问1人。形成了食用菌遗传工程、资源与种质创新、生理与设施栽培、加工与发酵技术和产业经济与信息等研究方向。
现拥有“国家食用菌工程技术研究中心”、“农业部南方食用菌资源利用重点实验室”、“上海出口食用菌优良菌种标准化繁育中心”、“国家食用菌加工技术研发分中心”、“国家外专局引进国外智力基地”、“中国农业微生物保藏中心食用菌分中心”、“上海食用菌高效生产和加工产业技术创新战略联盟”，“上海市农业遗传育种重点实验室菌物分室”、“上海市天然药用资源研究开发中心”等国家和上海市的科研平台。中国农学会食用菌分会设在我所。
在五十多年的艰苦创业中，主持获得国家科技进步奖4项、参与获得国家奖2项，省部级奖50项。授权专利59项，其中发明专利36项。承担省部级科研项目230多项，编写专业著作20多部，在国内外的各类期刊和会议论文集上发表学术论文700多篇。获国家食品药品监督管理局批准的保健品6个，获得国家认定新品种19个，上海市认定品种42个。选育出的优良菌种、研制出的高产栽培技术已辐射全国各地，有的甚至还输出国外。
现在已与国外二十多个国家和地区的大学、科研机构建立了紧密的合作关系。通过与国内多所高等院校联合，形成了从培养初中级食用菌专业技术人员到以硕士、博士生为主的高级人才的人才培养体系。同时我所还承担了科技部、农业部的食药用菌国际培训班，为世界各国特别是第三世界的国家培养食药用菌技术骨干。
目前，该所以博士、硕士为主体的中青年科研队伍已经成长起来，正肩负着科研工作的重任，积极跟踪科研前沿，密切关注国际学术动态，为实现“国内领先、综合实力最强、关键技术领域有所突破、国际著名的综合型食用菌研究所”的目标而努力。
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