福建省微生物研究所隶属于福建省科学技术厅。1955年创建，是我国成立较早的从事抗生素和微生物药物、工业、农业和环境微生物应用研究的专业科研机构之一。现有科研人员、技术工人和科管人员100多人。研究所研发条件良好、仪器设备先进、试验设施齐全。经批准建立了国家新药（微生物）筛选实验室（福建）、福建省新药（微生物）筛选重点实验室、福建省微生物药物试验中心、福建省微生物药物工程研究中心、福建省微生物及化学制药行业技术开发基地和微生物药物自动发酵平台。
近60年来，研究所坚持以微生物药物研发为主要发展方向，贯彻科学技术面向经济建设的指导方针，通过持续承担国家科技攻关项目、国家高技术研究计划（863计划）项目及福建省重大科技专项等重大科研开发课题，先后从小单孢菌、诺卡氏菌、链霉菌和真菌等微生物中成功研制了多种微生物药物，在全国率先筛选并开发成功新抗生素庆大霉素、西梭霉素，新型高效免疫抑制剂环孢素、雷帕霉素（西罗莫司），免疫增强剂胞必佳等多种重要医药品种，填补了国内空白，并成功推向工业化生产，对增加我国医药新品种和推动医药工业发展发挥了积极作用，取得了显著的经济效益与社会效益。研究所也因此形成了从小单孢菌等微生物中寻找新抗生素和从微生物中寻找新型免疫抑制剂的鲜明特色和科研优势。同时，研究所还先后开展了纤维素酶等工业用酶、酶抑制剂、杀虫剂、沼气发酵、工业废水处理等工业、农业及环境微生物应用技术研究。研究所成立以来，获得多本新药证书，获得三个全国科学大会奖和多项省部级科技奖。
改革开放以来，研究所高度重视对外合作研究和成果转化。同美、俄、意、日、西班牙等国的高等院校、研究机构、制药企业的合作交流频繁活跃，同省内外的医药科研院校和制药企业建立了“互利互惠”的课题联合研究、人员交流互访、产品开发生产等合作关系，生产的环孢素、西罗莫司、吗替麦考酚酯等原料均获得GMP证书，环孢素通过美国FDA检查，产品畅销欧美、印度、日本等国。科瑞药业被认定为高新技术企业，已逐步成为具有一定特色和国际影响的免疫抑制剂生产基地，为研究所的成果转化产生效益、反哺研究所发挥了重要作用。
“十二五”以来，研究所坚持“立足特色、主次兼顾、突出应用、协调发展”原则为指导，以药物研发为主线，不断拓展新领域。今后，研究所将集中优势资源，致力现有产品的拓展新适应症研究和高端剂型开发，通过微生物筛选、化学半合成、生物转化等手段定向寻找抗肿瘤、治疗神经性疾病、抵抗异种器官移植排斥、抗特殊致病性微生物以及罕见病的治疗新药物和延长寿命的功能性新药，加强微生物来源的功能性保健食品的系列产品和工艺研究，开发活性微生物技术和工艺应用于环境保护、污物处理、资源有效利用等领域，在微生物菌种选育、发酵和提炼工艺改进、菌种和药物分析测试、制剂开发和新药报批等方面为企业提供服务。
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