广东省微生物研究所前身是中科院中南真菌研究室，于1964年经国家科委批准成立。1972年改为现名，隶属于广东省科学院。现有人员208人，其中专业技术人员172人，高级职称人员42人，博士31人，硕士68人，研究生导师14人。拥有10万元以上仪器设备70多台（套），原值4000多万元。专业馆藏科技书刊2万余册，其中外文书刊1万多册。
　　作为具有热带亚热带区域特色与优势的微生物学科专业科研机构，研究所战略定位是：面向国家和广东省社会经济发展对微生物学的重大需求，重点致力于具有热带亚热带特色的微生物资源，微生物与生态环境、食品安全及健康等相关基础、应用基础及公益性研究，开展为支撑生物技术相关行业可持续发展的共性关键技术研究及储备性前沿技术探索，努力建成拥有良好源头创新能力和有序运行的现代微生物学科研机构；重点科研领域包括：微生物资源多样性与前期开发、微生物生态与环境污染控制、微生物危害及其检测与控制、微生物分子育种及生物转化、食药用菌生物技术与人类健康五个方面。目前研究所已形成资源微生物学、环境微生物学、分析微生物学和霉腐微生物学等四个优势学科。
　　省部共建华南应用微生物国家重点实验室、广东省微生物应用新技术公共实验室和广东省菌种保藏与应用重点实验室依托该所，建有华南地区最大（全国第二大）真菌标本馆和菌种保藏中心，广东省菌种保藏与应用重点实验室连续四次获得省优秀重点实验室称号。2010年获人力资源和社会保障部批准建设了博士后科研工作站。广东省微生物分析检测中心（广东省质量监督食用菌产品检验站）于1999年通过了计量认证（CMA）,2004年通过了中国合格评定国家认可委员会（CNAL）实验室认可，具有独立法人地位和第三方实验室地位，检测数据可获得国际互认，2012年通过了食品检验机构资质认定（CMAF），国家认监委认可的符合良好实验室规范（GLP）原则的实验室。此外，我所主持搭建了广东省食品安全检测与评价科技创新平台，参与了广东省材料检测与评价科技创新平台建设。由国家发改委立项建设的“广州国家生物产业基地生物新技术及产品研究开发和测试公共实验中心”和“广州化学品生态环境安全评价服务中心”均于2011年建成运行。广东省微生物学会、广东省食用菌行业协会、广东省生物技术生产力促进中心挂靠在该所。
　　建所近五十年来，研究所在科技创新、行业共性关键技术及科技服务和科技成果转移转化等方面取得了显著成绩。在科技创新方面，先后承担国家973计划课题、国家“863”计划课题、国家重大科技攻关项目、国家科技支撑项目、国家自然科学基金项目、广东省教育部产学研项目、粤港招标项目、省基金团队项目、省自然科学基金项目、省重大重点科技攻关项目和科技援藏项目等重大重点科技项目。共取得科技成果140多项，其中达到国际先进水平以上54项；获国家和省部级以上奖励100余项，其中国家级成果奖5项，省部级一等奖11项。申请专利264件，授权148件，其中申请发明专利255件，授权139件。2007年被认定为“广东省事业单位知识产权试点单位”,2009年被认定为国家知识产权试点单位。主持和参与国家、行业和地方标准的制修订70多个。在国内外学术刊物发表论文1700多篇，出版科技专著35部。获“十一五”国家科技计划执行优秀团队奖，2000-2007年连续8年荣获“省直系统文明单位”称号，2007年荣获“广东省文明单位”称号。
　　研究所发展目标：面向广东经济社会发展需求，面向提升广东科技自主创新能力需求，把广东省微生物研究所建设成为微生物种质资源分类保藏基地，现代微生物学领域中的科技创新基地，微生物学领域中可转化型成果的源泉基地，推动国内外合作开展微生物学研发的实验基地，高层次微生物学人才的培养基地，支撑广东省相关产业优化升级的技术保障基地，努力发挥在广东区域科技创新体系中的骨干和引领作用。