一、菌种包中心打洞接种，对保证菌种纯度方面，很难做到万无一失。菌种供氧处前端的菌体部位在长时间的菌丝繁育培养中，往往会有一部分杂菌孢子随着新陈代谢的活动，而进入到菌体的最外层。虽然未看到有明显的杂菌存在，但事实上这些部位确确实实有杂菌孢子的存在，并且有些还会繁育成白色的菌丝侵入到菌丝的体内。这种现象在生产中已经是确认无疑的。凡是用棉花做成的标准棉塞的原种，由于过滤行程较长，杂菌很难进入到菌种瓶内。但对于无棉盖体制成的塑料袋栽培种来说，情况就大不相同，因为它们控制杂菌的效果相当差，所以这种工艺的应用需要我们在生产中慎重对待，在接种时切除菌种供氧处前端的菌体部位就很有必要。

二、接种后的静养式培养，给杂菌的滋生繁衍创造了条件。要想改变这种局面，除了采用适当的药物处理培养环境外，加强室内的空气流动性是非常必要的。延长通风时间促使幼小菌体健壮地生长，从而达到抑制杂菌滋生目的，这种管理工艺可称作为动养式管理。但是要注意空气只能是缓缓地流动，这样才不致于把杂菌直吹进菌包内。工厂化的通风设施应以抽风为主，来促使空气的置换，大功率的风机运行，很容易把杂菌孢子直接压入到袋内，易造成污染率增高。动养式的管理延长了空气流动的时间，加强菌种的代谢活动，菌种的生长的速度随之提高，因此它们的抵抗杂菌的能力也就提高了许多。

三、倡导科学的接种方法和实施接种车间和冷却车间的二次喷雾消毒，是降低污染率的重要条件。接种时挑取菌种只能用镊子挖取，不可用手直接拿取；挑取后摄子只能插在种子上，种子也只能横向放在机车上，这样会有利于种子上少带杂菌。强冷间由于杂菌存量较多，应该用消毒液在工作期间进行二次以上的喷雾消毒，这样会辅助控制杂菌的存活量更低些。 

四、切实做好自然冷却间与强冷间的通道封闭工作是控制杂菌存量的重要一环。

五、找出适合工厂化生产的制种工艺。根据多年的制种经验来分析，糖瓶可用来作母种扩繁， 原种一定要用750毫升标准瓶，但对于这两种瓶的棉塞必须严格做好。棉塞插入瓶中内的长度，应不少于2.5㎝，并且松紧度适宜，这样有利于控制杂菌的侵入，以确保原种的纯度。对于生产种，使用枝条制种模式，污染会更好控制。 

六、拌料场地的污染源控制，也是有效降低污染率的好办法。玉米芯料的预湿，必须远离制袋车间，预湿后的转运，就不会使杂菌飞扬。再者可以加入一定的消毒杀菌药液，再进行预湿处理，经处理后再转运到拌料场，就会更安全了。    

七、设置零污染处理车间，可确保工厂化的良性运行。零污染车间基本工艺设施及流程：每天把菌袋培养间检出来的污染袋，直接送入到零污染车间，车间内由两台机器运作，一个破袋机，一台装袋机，根据生产量检查污染多少，安排相关人员适时进行操作。车间内，配备操作用的衣、鞋、帽。操作完毕后，由专业菌棒转运人员运到灭菌车间，及时进行灭菌，车间应远离接种间。车间人员下班后，工作服应放在车间内，连同车间一起进行消毒，以杀灭存留在车间内的杂菌孢子。 另外可以在这些废料中，加入一定量的杀菌药物，搅拌均匀装袋，灭菌时与正常菌包同时灭菌。